共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
清凉寺有难韦小宝劝说老皇爷暂时离开清凉寺避难，自己会派少林高僧护送老皇爷下山。谁知顺治却说自己是个不祥之人，他不想再连累大家，执意要留在清凉寺了结一生。
一部分西域圣教尊者围坐在五台山下，韦小宝带着少林武僧成功偷袭了他们，韦小宝让众僧人把西域尊者的衣服都脱下来他自有妙用。
行痴、行颠和玉林三人在禅房内准备好了柴火，只等西域尊者前来，等行痴说明身份，他们就点火焚身了却尘缘。韦小宝、双儿和众僧人穿上西域尊者的僧衣装扮成西域尊者来到禅房，趁玉林大师尚未发觉，双儿就点了三人的穴道，小宝命其他僧人给三人也穿上西域尊者的衣服并护送三人离开。临走韦小宝点了一把火烧燃了清凉寺。
其他西域尊者们看到清凉寺失火以为老皇爷已经被大火烧死就离开了五台山，顺治夸赞韦小宝不伤一人就打退了敌兵。路上韦小宝一行碰到了多隆，多隆告诉韦小宝皇上和皇太后已经来到五台山，住在灵境寺里。
韦小宝带着老皇爷和众僧人暂住金阁寺休息。康熙来到金阁寺要看望老皇爷，谁知老皇爷却决心不见他。韦小宝不忍心看到康熙失望，他在门外一把鼻涕一把泪说康熙和自己一样都是没爹没妈的孩子，老皇爷被小宝打动，康熙父子终于见了面。
康熙禀告父皇太后杀了那么多人，他想处死太后。顺治让康熙不要心存怨恨，做一代明君，永不加赋，造福天下苍生。他让康熙不要再派人来伺候他了，自己要做一个真正的出家人。
康熙就在自己眼前，双儿想起母亲对自己的嘱托，她不知道自己该不该杀康熙，心里很矛盾。
告别父亲康熙对小宝说自己不明白中原百姓为什么那么反感他们，都要反清复明。为了赢得民心康熙决定免去扬州等三地的赋税。韦小宝听后很高兴。