共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
韦小宝见阿珂生得美貌不由心生邪念，他故意戏弄阿珂，触犯了阿珂。阿珂被韦小宝轻薄欲引剑自刎被师姐阿琪拦住。澄光大师让阿琪扶着阿珂到寺里休息，韦小宝前来看望阿珂，阿琪要杀掉韦小宝被赶来的澄光大师制止，两人交手澄光见阿琪使的是山西霸王拳，他觉得阿琪的武功来路很神秘。
风际中不满陈近南让韦小宝坐上了天地会青木堂香主之位，他让儿子风逸飞与铁虎合作杀掉韦小宝。铁虎跟踪双儿在清凉寺找到了韦小宝，他欲行刺韦小宝被澄光大师打跑了。
阿珂一心寻死准备跳崖，被路过此地的台湾延平王之子郑克爽救下。俩人互生好感，郑克爽邀请阿珂与自己同行。
蒙古葛尔丹王、西域圣教尊者、平西王府的马总兵、杨总兵和阿琪姑娘一行人在路上碰到，一同来到少林寺。葛尔丹和西域尊者想试探少林高僧的武功，他们提出要和澄光大师比试，交手不过几个回合，葛尔丹就输的口服心服。
阿琪使出飞针暗器射向韦小宝，飞针被韦小宝的软体护甲挡了回去，小宝看起来年纪轻轻就已经练就护体神功，这让所有人目瞪口呆。阿琪斥责韦小宝作为少林高僧竟然侮辱自己的师妹，杨总兵告诉阿琪韦小宝就是名震天下手刃鳌拜的桂公公，他还曾经救过平西王世子是平西王府的大恩人，杨总兵说小宝身为一个太监他是不可能侮辱阿珂的，这件事定有误会。韦小宝也应声说道他与阿珂交手只是无意中碰到了阿珂的身子，自己实在无意轻薄阿珂。阿琪一行人只好离开少林寺。
王屋派司徒掌门和沐剑声把大炮伪装成真武大帝的雕像混过官兵的关卡，顺利地把大炮放置到了清凉寺对面道观的凌霄殿中。
康熙给韦小宝下了秘旨，他让韦小宝到五台山清凉寺做方丈。韦小宝这才知道皇上原来先让自己到少林寺出家的用意，这样就可以名正言顺的带些少林高僧到清凉寺保护老皇爷却不会引起别人怀疑。
西域圣教的近千名尊者到五台山下准备围攻清凉寺，韦小宝和澄光大师商量对策。