共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
方怡的簪子掉在了尚膳监，韦小宝回到尚膳监找簪子，他无意中看到了未被化尸粉化掉的柳燕的双脚。小宝想用柳燕的双脚吓唬太后，他来到慈宁宫却无意中听到太后和师兄的谈话。太后的师兄看到柳燕这么长时间都没有回来，他有些担心，太后决定和师兄一起去寻找柳燕。只见太后在床边按下一个按钮，床板就抬了起来，露出了一个盒子。太后从盒子里拿起一把短剑就和师兄出了慈宁宫。
韦小宝看见他俩走了就打开床下那个盒子，发现盒子里面有三本四十二章经。韦小宝刚把三本四十二章经揣进自己怀里就发现有人进来了，他连忙躲在了围帐之后。只见一个宫女鬼鬼祟祟也来到太后房间到处翻找，像是要寻找什么东西。
这时太后和师兄回来了，那宫女赶快躲进了柜子里。太后和师兄发现房间有人动过，连忙拿出那个盒子发现里面的四十二章经不见了。太后怀疑小偷躲在柜子里，她刚打开柜门就被躲在里面的宫女捅了一刀，太后应声倒地，太后的师兄和宫女打了起来。太后的师兄把宫女按倒在地准备掐死她，韦小宝举起匕首从背后把太后的师兄杀死了。
韦小宝这才看清那个宫女原来是陶姑姑，陶姑姑拉着韦小宝飞快地逃出了慈宁宫。陶姑姑问韦小宝怎么会在太后房间，韦小宝谎称是皇上让他来捉太后的奸的。陶姑姑让韦小宝不要告诉皇上太后身边的宫女是男人，因为太后与人通奸会让皇上感到很没有面子，伴君如伴虎，皇上随时可能会杀了他灭口。
慈宁宫里的动静惊动了侍卫们，陶姑姑和韦小宝就此分手。韦小宝来到布库房告诉屏儿和方怡太后死了，他们不用离开皇宫了。韦小宝跟着皇上来到慈宁宫，却看到太后好好地坐在珠帘后面。太后告诉皇上慈宁宫并没有进刺客，只是宫女和太监斗嘴互相杀死了对方。太后依旧让韦小宝留在慈宁宫伺候她，韦小宝准备离开皇宫一走了之，可是他又不忍心看着康熙被太后蒙在鼓里，最后被太后杀死。他决定把太后的事情告诉皇上。
韦小宝把顺治帝在五台山出家、康熙生母等四人都死于化骨绵掌等事情都告诉了皇上。韦小宝说自己本来准备明天就逃出宫去，可是他不忍心把小玄子一个人留在皇宫中，所以才决定告诉皇上真相。
康熙撤掉慈宁宫的所有侍卫，决定和韦小宝夜探慈宁宫。太后命喜鹊把她师兄的尸体装进一个袋子里埋在后山，这一切都被康熙看到，康熙恨死了皇太后。
康熙封韦小宝为御前侍卫副总管并御赐黄马褂到五台山寻找自己的父亲顺治皇帝。听说韦小宝要带她们出宫屏儿和方怡高兴极了。