共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
原福建水师提督施琅带着礼物求见韦小宝，小宝看着施琅送来的玉碗，想自己和施琅素不相识不知道施琅找自己所谓何事，施琅告诉韦小宝当初自己在郑成功手下带兵，郑成功听信妇人谗言把自己一家老小都抓了起来，他找机会逃走了，郑成功就杀了自己的妻儿老小。他来到京城却一直得不到皇上的重用，此次前来晋见韦爵爷就是想请求韦小宝给自己一个报仇的机会。
韦小宝恨透了郑克爽，他积极地向康熙禀明了施琅的要求。康熙怕施琅返回福建报仇心切反而会惊动了台湾郑氏，他要施朗先帮助韦小宝去攻打神龙教，如果此次出兵施琅表现良好，他一定会重用施琅。双儿把地图拼好了，韦小宝担心地图会被别人抢走，他把地图标志一一记牢然后把地图烧掉了。
施琅决定炮轰神龙岛，韦小宝担心方怡和沐剑屏会被炮弹炸死，他告诉施琅神龙教抓走了皇宫里的几个宫女，皇上交代他一定要活着把这几个宫女带回去。施琅非常感谢韦小宝的提醒，他吩咐士兵攻岛之时见到女的不能杀死只能活捉。
洪教主借练功之名把方怡带到密室，他准备调戏方怡被洪夫人发现，洪教主谎称他找方怡是为了帮助自己练功。
神龙岛周围的海面上突然浮现了很多死尸。韦小宝让手下打捞出一个胖子，发现这个胖子并没有死而且他就是带走假太后的那个胖和尚。胖子说自己原来很瘦的，是胖头陀的师兄名叫瘦头陀，因为晚吃了洪教主的解药所以才变胖的。胖头陀告诉韦小宝神龙教现在正在起内讧，教内各个门派打架打得不可开交，正是攻打神龙教的好时候。
韦小宝听信了瘦头陀的话下令炮轰神龙岛。他正在军营中等待胜利的好消息，却听到方怡的呼救声。韦小宝和双儿跑出军营看到方怡被官兵押在战船上，韦小宝赶紧跑到战船上给方怡松绑。突然他感觉被人点了穴道浑身酥麻，洪夫人一身清兵打扮来到他的面前。原来洪教主早就发现了清兵的战船，那些尸体都是用来迷惑韦小宝的，瘦头陀也是来刺探军情的。