共48集
京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
朱一品和刘松制定解救陈安安的计划，柳四变对自己弄到最危险的地方十分不满但却无可奈何。一切按计划行事，刘松和柳若馨同时闯入屋内，柳四变却因为害怕而逃跑。受到惊吓的陈安安坦言因为嫉妒柳若馨，就骗了朱一品其实她并未和朱一品发生关系，朱一品听后甚为欢喜。柳四变自述四大花魁失踪的真相，其实是四大花魁想着和四变私奔，从而想出的联合假死之术。四人找不到四大花魁只好带着四个锅盔回到宫中，众人内心惶恐不已，皇帝见到后兴奋的表示密函的意思就是找锅盔。
四人回到医馆正要庆祝之时，苟尚仁突然造访，表示要开除除了胡励金外的四人。朱一品以东西厂大臣都在医馆卧底为由来警告苟尚仁，不料却遭到苟世仁的无视，安安向苟尚仁撒娇也遭到其拒绝。陈安安和朱一品的招数都没有能够使得苟尚仁改变主意，二人见状只能哀求苟尚仁高抬贵手，苟尚仁内心狂喜不已，表示给朱一品等人最后一次机会。
宁王原本想借四大花魁之事安排杀手入宫暗杀皇帝不料半路夭折，扳倒朱一品之事也并未成功，此时宁王想到了陈慕禅，他打算利用陈慕禅来完成自己的计划。
陈慕禅飞鸽传书邀一品等人到农家乐相聚，苟尚仁虽然反对却无可奈何。众人在去往农家乐的路上，柳若馨对陈慕禅的信充满疑惑，可是朱一品却不以为然，柳若馨拿出陈慕禅的书信，发现名字已经改为了李减诚，这让柳若馨起了疑心。朱一品等人来到农家乐却未看到陈慕禅，只看到一个疯疯癫癫的穿着安安爹衣服的李减诚，众人对老板李减诚起了疑心，没有说出来这里的真相，只说是来这里玩的。柳若馨分析李减诚不是陈慕禅，可能是一个杀手，而刘松凭自己的直觉否定了柳若馨的推断。