共48集
京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
安安被带到大萌神面前，教徒要求安安换他们的衣服，安安拒绝未果无奈只能准备当众换衣服，躲在一旁看着一切发生刘松沉不住气了冲出去想要带走安安，教徒皆出动追杀二人，陈慕禅也只好冲出来帮助二人，刘松和陈慕禅奋力突围但是寡不敌众，一品和若馨也及时赶到，更多教徒赶来，众人奋勇杀敌。
聂紫衣带领的锦衣卫碰到宁王，宁王向紫衣表明自己已经背叛大明朝，统领盟军下山自立为王，锦衣卫与宁王的队伍厮打起来，紫衣将宁王打的连连退败，宁王只好放烟雾弹趁机逃走。
教徒发现了假扮的一品和若馨，危急时刻，一品利用自己的天罡秘穴疗法用针刺激自己打败了上前的众教徒，一品却因为副作用受伤了。
安安对刘松欺骗自己的事仍然十分生气，刘松向其解释自己有皇命在身不得已而为之，而自己是看了安安画像才主动请缨来医馆的，安安听闻原谅了刘松，安安却还在纠结刘松是太监的事刘松想解释，安安却先行自我安慰起来。
马也鹿出现大声念了一串咒语，原本倒地的教徒都站了起来向一品等人杀去，众人只好放弃闲聊再次杀敌，一品混乱中看到逃跑的宁王立即尾随而去。一品正好看到宁王在大萌神传话的屋子里杀人，宁王编造自己杀敌的谎言想着骗一品，一品认出宁王的声音表明自己假扮干冶子的身份，宁王恍然大悟并恼羞成怒欲与一品比试，一品再一次用针刺激自己狂虐了宁王，一品分析得出众人变成不受自己控制，是受了声音影响，并猜测只要发出更大的声音就能震醒众人，所以一品想借用大喇叭喊话来盖住咒语的声音。宁王承认了一品的正确分析并狂妄表示无人敢杀自己，汪直突然出现将其打晕，汪直告诉一品刘松和若馨是姐弟这一秘密，一品斥责汪直不一次性说完这一重要的事，不料汪直早已深受刀伤，一品打开喇叭的开关，大声学狗和猪叫使得众信徒皆变成如此。
一品和汪直带着晕倒的宁王来找马也鹿，汪直不解为何宁王已经被捕，同舟会秘密已经被西厂知晓他却还拼死挣扎，马也鹿表示自己给宁王服用的所谓的补药原脉神华丹实际上是一种奇毒，宁王气愤醒来斥责马也鹿并向一品说明柳若馨中的药会控制不住自己可能会杀了一品并表示药是郑载农配的请求一品放过自己，自己会回京城寻解药得到肯定答案后再一次晕倒。
汪直也在临死前将写有若馨身世的纸交给若馨。
马也鹿派人将造的大钟实际上是扩音器请上来，对其吹箫控制众多信徒，一品也因服用蛊虫痛苦不已，皇帝身边的众人也深受箫声毒害，一品表示现在必须要盖住箫声，大王及时送乐器来给众人，紫衣帮助要用内力控制蛊虫的若馨来谈琴，琴声与箫声势均力敌，无奈若馨只能河东狮吼却意外盖住了箫声震碎了大钟。内力耗尽的若馨晕了过去再次醒来的若馨已经毒发作了，马也鹿被掉落的大萌王的头砸死，一品用亲吻唤醒若馨，刘松也向安安坦白自己并不是太监，最后有情人终成眷属，雨轩的灵魂也出现在了大家的面前。(大结局)