共48集
京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
夺心狂魔将小皇子哄高兴之后准备对其下手，却被朱一品阻拦，朱一品故意说了一些让小皇子伤心的话，导致小皇子情绪不好，夺心狂魔暂时无法下手。
夺心狂魔准备对朱一品下手，于是便想尽办法让他生气，朱一品知道他的目的所以故意不生气。夺心狂魔为了打朱一品来到了他的跟前，不料朱一品趁机偷了他别在腰间的钥匙，顺利逃出了笼子。同时朱一品还偷拿到了一粒丹药，并以此来威胁夺心狂魔，夺心狂魔为了保住丹药只要任由朱一品摆布，朱一品见状便带着小皇子赶紧离开了这个是非之地。逃跑路上小皇子内急，朱一品只好让他去解决，然后自己为了掩护小皇子所以采用了声东击西的策略，他向着小皇子相反的方向跑，结果半路被夺心狂魔拦下，情急之下朱一品只好吃下了那颗丹药，但是却陷入了昏迷的状态，夺心狂魔十分生气想要杀害朱一品，幸好柳若馨等人发现了小皇子，根据小皇子的话及时找到了朱一品，这才使得朱一品幸免于难。
朱一品被抬回来皇宫，太医诊治之后都认为无力回天，于是陈安安和柳若馨开始大闹，她们不相信朱一品就这样离开人世，柳若馨和陈安安两人开始用拳头砸朱一品，没想到朱一品竟然被砸醒了。朱一品醒来之后感觉脑子里面很乱，皇上让他想一想凶手是否是同舟会的什么人，朱一品努力回忆，但是却怎么也想不起来，并且脑海中还浮现出了死者案发现场的画面，朱一品认为一定是那颗丹药造成的后果，他根据画面中的场景，觉得凶手很有可能就是太医中的某一个人，于是他趁机让皇上下令处死所有太医。朱一品的话被窗户外的一只鹦鹉听到，这只鹦鹉就是夺心狂魔派来监听他们说话的。
朱一品发现了要离开的郑太医，他开始逼问郑太医的真实身份，起初郑太医百般抵赖，后来在朱一品的步步紧逼之下暴露了身份，原来他就是同舟会的铁臂神医，身份暴露，郑太医决定杀掉朱一品还有宁王带来的侍卫，紧要关头柳若馨及时出现，她与郑太医打斗了一番，最后郑太医不敌柳若馨败下阵来，官兵将郑太医郑载农押入了大牢。
宁王来牢中审问郑载农，没想到他软硬不吃，并且用永生不死的愿望来诱惑宁王，宁王并没有被他的话蒙骗，见他不肯配合只好离开了。
宁王带着朱一品来到了监狱准备再对郑载农进行审问，却发现郑载农已经逃跑，并且还留下了一封对朱一品的恐吓信。朱一品知道自己知道了太多皇家的事情，怕被皇上杀人灭口，于是便女扮男装带着陈安安和柳若馨出宫，欲出宫门却被阻拦，幸好宁王相助朱一品等人才顺利离宫。
朱一品出宫之后发现了胡砺金和刘松竟然藏在车底，他想要甩掉二人却没有成功，无奈之下只好带着他们回到了医馆。
朱一品回到医馆发现了聂紫衣带着人等待着他，聂紫衣是杨宇轩的妻子同时也是锦衣卫副千户，朱一品以为她是来问罪的，却被紫衣告知皇上要赏赐他才特地派自己前来的，朱一品听到这个消息才放了心。