共48集
京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
假扮干冶子的一品醒后被宁王邀请下围棋，一品询问带着面具的宁王真实姓名未果，手下来报抓到了内奸宁王认出其是天罗地网的方游龙，他表示知道锦衣卫天罗地网的人都是宁死不屈的硬骨头便派人将其带到圣地受折磨。朱一品询问圣地的含义，马也鹿介绍圣地就是圣虫的集结之地，宁王打断了朱一品的询问。
若馨和刘松来见大萌神，刘松表示大萌神好像在四明观见过，若馨认为可能通过其找到朱一品，刘松以若馨是西厂红人不方便行动为由要她将此后的事交由自己来办。若馨正在与其争论之时，汪直带兵前来若馨趁机请求义父帮忙，刘松表明自己东厂厂公的身份，刘松表示朱一品此事一定牵扯到同舟会内部阴谋自己一定会并当查论，若馨听闻十分惊讶殴打刘松被汪直制止，胡砺金也赶来表示自己的惊讶躲在人后的安安听见真相伤心跑走。
安安向若馨哭诉，若馨则安慰她说刘松就算是个太监也是活着的，一品却跑去当同舟会卧底是生是死都不知道。聂紫衣带着众多锦衣卫来医馆告诉二人得到了好消息，她说有人利用邪教鼓动百姓聚众练功，信徒众多其中有一些会被挑出加入盟军，而这个邪教就叫大萌邪教专门信奉大萌神。若馨听闻十分激动，大萌邪教就是抓一品的邪教，紫衣带来锦衣卫卧底传来的邪教位置消息让若馨根据线索找一品。
宁王带朱一品来自己的武库借以试探他是否是真正的干冶子，朱一品识破其计谋，想着趁机砸晕面具宁王弄清其身份也算自己做卧底取得成就了，不料误打误撞中寻得一把好剑获得宁王的信任。
若馨和胡砺金逛街之时，若馨在街上看到一个穿着和一品很像的人追了出去，不料只是若馨太思念一品产生的幻觉，胡砺金匆忙寻找走失的若馨却遇到粗壮大汉碰瓷，被虐的特别惨的砺砺碰到一个强壮女生帮自己出了头，然后要将其带到大萌神请求赐婚，胡砺金坐在船上思绪万千。
一品深夜偷偷跟踪下人想要进入圣地，被马也鹿发现，一品只好说谎话骗过宁王。马也鹿要一品表达加入同舟会的决心服下装有圣虫的圣药，一品为取得信任只好吃下安慰自己可能会以毒攻毒。
刘松来找安安和好，安安带刘松来见陈家的祖先，并当着祖先的面准备对刘松顿狠揍未果，刘松匆忙逃走，安安表示虽然刘松是太监骗了自己可是自己还是喜欢他，不料刘松呆呆的解释更加惹恼了安安，安安恼羞成怒之时，陈慕禅从天而降阻止了安安后便以有事为由再次离开。安安向天诉苦之时，捡到了刘松的腰牌，刘松去换兵马的时候发现自己腰牌已丢。安安女扮男装带着刘松东厂腰牌乘马车前往宣化。