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京城突现夺心狂魔，频频作案杀人而后夺走心脏，杨宇轩奉命捉拿凶手，期间为保护朱一品不幸葬身火海。朱一品悲痛万分，发誓要为杨宇轩报仇。皇帝突发恶疾，面向全社会寻找神医，朱一品怀疑夺心狂魔就隐藏在宫闱之中，毅然揭下皇榜入宫。经过一番艰苦调查，朱一品发现太医郑载农就是夺心狂魔，可惜最终被他趁乱逃跑。朱一品在寻找郑载农的过程中发现了宁亲王意图谋反的狼子野心，为此他与医馆同僚们几次三番被卷入凶恶险境，但都凭借默契的合作和日益进步的推理能力一次次成功破案，同时也将宁亲王的阴谋一点点揭露。最终，他们深入敌穴，再一次成功阻止了宁亲王的谋反行动，守护住了国家的太平。
一品清醒后察觉自己意识到一个重要的问题，他以黄豆红豆为例，认为锦衣卫断案的先决条件有误，凶手把装有嫌疑人的档案混进千万张档案中更加隐蔽，造就档案被偷的假象吸引众人注意也正好躲避追查，所以他断定杀手根本没有拿走档案。聂紫衣表示现在解决问题的关键在于已经抓到的采花大盗李万基，她发现除了在抓捕现场发现了李万基的脚印外，在抓捕前一天的恶性谋杀案的现场也同样发现他的脚印。李万基诉说自己在抓捕前一天晚上和同采花会的毛毛，桃桃去城西少女闺房行动，结束后三人分道扬镳，他突然想到没有给毛毛战利品，再返回找毛毛时撞见毛毛被人杀害且被戴上银黑色面具后毁容。若馨询问完面具后断定是容颜拓印术。
一品命紫衣去停尸房看先知四号的尸体是否安好，一品分析从一开始先知里面就潜伏着一个易容杀手，从真正的四号死的那天，同舟会就已经渗透到了先知的系统当中，之所以选择那天下手是因为先知推算出一个同舟会不能暴露的大人物额，所以他要杀掉所有的知情人。众人正在讨论人是谁的时候，聂紫衣匆忙赶来告诉众人先知四号尸体不见的消息这更加证实了一品的推断。若馨表示不知如何去找杀手，一品却胸有成竹的表示凶手的钱还在自己这里会主动来找自己。
百炼愁果然上门来寻自己的乾坤一掷镖，众人调侃他，百炼愁恼羞成怒要杀众人，聂紫衣，刘松和若馨与其对打，正当热火朝天之时，躲在一旁的陈慕禅将掉在地上的钱收集起来撒向百炼愁，百炼愁果然停下慌忙捡钱，若馨趁机捅向百炼愁，一品问其派他来的人未果。
众人以为线索断了时，若馨从百炼愁身上搜出一枚画着熟悉图案的钥匙，若馨回忆图案应当是在聚宝钱庄见过，众人前去用钥匙打开宝箱找到了丢失的档案，众人调侃档案短小精髓时，一品看到刘松档案上记载他是东厂的厂公，众人惊讶不已刘松刚想解释，侍卫带厂公指令而来，称由西厂全面接手锦衣卫一案，汪直赶来将档案收回。安安赶来对刘松十分失望，汪直阻止了众人的争吵，他让一品再次审核刘松档案，一品发现在在东厂厂公后面加了“的亲戚”三个字，众人长舒了一口气。汪直独自一人将刘松档案里“的亲戚” 三个字抹去，刘松以东厂厂公身份回到东厂。
皇帝与宁王下棋，皆醉温之意不在酒。宁王走后，皇帝晕倒后失明，皇帝惊慌失措，情急之下请然仙师来救病。一品等人闲情雅致之时，聂紫衣赶来告知众人皇帝寻得然冰銮炼制长生不老，并且皇帝突患眼疾竟要其帮忙治病，他要一品帮忙查此人来头。胡砺金听闻众人要进宫查案想着趁夜逃走被众人发现，一品发现药方有问题，众人匆忙赶往皇宫。