该剧围绕明朝万历年间大奸臣魏忠贤及其做太监前所生的儿子傅应星之间产生的一系列曲折离奇的故事而展开,正邪两方斗智斗勇。同时剧中还铺设了一条错综复杂、循环无序的情感线路 。
魏忠贤和客印月为了自身利益也要追杀应星,于是,又一次的逃亡开始了。皇后冒着极大危险偷偷出宫,亲自将熹宗的圣旨交到应星手中,命他调查满清间谍案的真相,于是,应星又一次成了钦差。