该剧围绕明朝万历年间大奸臣魏忠贤及其做太监前所生的儿子傅应星之间产生的一系列曲折离奇的故事而展开,正邪两方斗智斗勇。同时剧中还铺设了一条错综复杂、循环无序的情感线路 。
在丽娘逼李是从大牢中放出酸秀才。熹宗皇帝派钦差杨涟去杭州主持求雨,为不使求雨人成为杨涟的同党,魏忠贤特派遣武林高手,要先杀了“何仙姑”陷害杨涟。而应星继续留在周府内做他的“糕团大仙”,浑然不知危险已经一步步向他靠近了。