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1946年3月17日，军统头目戴笠飞机失事，一份电报底稿泄露了惊天秘密：戴笠雇佣日本刺客宫十一来北平刺杀漕帮老大徐德庸，徐德庸一向反对蒋介石的分裂政策，支持共产党成立联合政府的主张，因而成为蒋介石的眼中钉肉中刺。此事披露后掀起渲染大波，军统急于掩盖，他们去北平监狱调查电报底稿中提到交易条件，日本战犯小林觉，却发现此人果然已经被冒名顶替掉包而走，事情败露，典狱长自杀，中断了线索。军统方面一方面否认此事，一方面派出精兵强将小林觉抓获，然而日本刺客却施展高明的催眠术，用军统特务爆炸了军统北平站，以此威胁军统再次释放小林觉。军统假意答应，借机布下埋伏，日本刺客躲过伏击，小林觉却在混乱中被军统击杀。日本刺客发誓要继续刺杀徐德庸。共产党方面也不肯眼看着蒋介石杀一儆百威胁到全国人民对和平建国的热情和支持，于是派出了安全专家老吴和神枪手警卫员彭克虎，从延安赶到北平保护徐德庸。蒋介石面对各界抗议之声，连连否认授意军统行刺，军统为掩盖此事，启用了因得罪戴笠而落魄颓唐的军统暗杀高手林家山，要他秘密寻找到日本刺客灭口。老丁曾与日本刺客宫十一在上海滩交锋，他对宫十一造成了巨大威胁，而此时，军统内部有人为了掩盖勾结日本人的罪行，布局杀害了老丁，彭克虎出于冲动与愤怒，毅然单枪匹马挑战军统，林家山也不堪忍受军统受辱，找上彭克虎较量…
彭克虎想老幺表明心际，说服她释放徐德庸，他们匆忙赶到关押徐德庸的地方，却发现徐德庸刚刚被胡晨光带走。彭克虎找胡晨光要人，胡晨光逼彭克虎交出证据---那些证据早就被徐德庸转移给了彭克虎。彭克虎准备拿证据换人，林家山则出面阻止，建议他让胡晨光彻底暴露。他们设计保住了证据，救出了徐德庸，看完了那些证据，林家山很痛苦，他心目中的军统形象再次蒙尘。徐德庸其实已经和重庆派来的特使廉主任建立了练习，廉主任受命调查军统内部有人涉嫌伤害徐德庸的案子，徐德庸让他亲眼看到了胡晨光和杜嘉兴对自己的迫害，廉主任出面扣押了这两个人。老幺为救胡晨光，冒险潜入八办偷那些证据，却被抓住，彭克虎向刘主任求情放了她。不料等老幺回到家，却发现胡晨光为保住自己的位置，已经做好了和老幺一刀两断划清界限的准备，老幺很伤心。在杜嘉兴帮助下，日本人进了羊肉胡同，拿到了以前培养的菌苗，为了试验菌苗的活性，他们在一具被他们杀死的中国人身上布下了菌苗，很快蔓延起来，由于有强烈传染性，羊肉胡同被全面封锁起来。