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魏文帝曹丕驾崩，其子曹叡登基，司马懿作为四大辅臣之一被重新召回，而他面对的，也是更为复杂的政治形势。曹叡多疑猜忌，渴望独操权柄。同为辅臣的曹真对司马懿屡屡刁难，司马懿只能谨慎周旋。此时诸葛亮北伐，曹叡派遣司马懿前去迎敌。司马懿虽与诸葛亮神交已久，却不得不为各自的国家，开始一场场生死博弈。五丈原秋风一曲梁甫吟，诸葛亮终因积劳成疾去世，司马懿彻底战胜了毕生最强大的对手。曹叡英年早逝，幼主曹芳继位。以曹爽为首的宗亲对司马懿进行无情的打击，司马懿隐忍退让，就在曹氏集团已经麻痹之时发动高平陵之变，结束了魏国的内乱。司马懿终于站在了人生巅峰，也体会到了至高之处的孤独。生命的最后时刻，他的朋友、爱人和家人全都离开了，他在临终检点自己的一生，为权力的争斗忏悔。令他欣慰的是三国即将统一，他亲手终结了乱世。
东汉末年，诸侯混战。青年书生司马懿（吴秀波 饰）原想与世无争，无奈一场月旦评使司马懿和他父亲卷入了曹操和汉室的争斗。屠刀即将落下，司马家即将面临灭顶之灾。司马懿在危难之际施展计谋挫败了杨修（瞿天临 饰），却也招来了曹操（于和伟 饰）的猜忌，逼迫其入仕。曹操之子曹丕（李晨 饰）也对其青睐有加，可是司马懿却不惜自断双腿也要躲避入仕。中原大战在即，司马懿避无可避，终被曹丕诚意感动，答应辅佐曹丕成就大业。司马懿于是与曹植的谋士杨修，展开了惊心动魄的夺嫡之争，他辅佐曹丕一次次通过了曹操的考验，然而曹操始终偏袒曹植。尚书令荀彧弥留之际给司马懿留下了匡扶曹操，辅佐曹丕的绝技，在大伙共同的努力下，曹丕最终顺利登上太子位。在伐蜀战争里，杨修因骄狂而被诛，司马懿自此结束了与老对手杨修二十余年的相争。
不久后，一代枭雄曹操的生命也走到了尽头，临终前他与司马懿坦诚相对，司马懿自此将曹操奉为师长，此后坚定地奉行曹操结束乱世一统天下的志愿。曹丕称王，司马懿也成为股肱之臣，他与陈群（褚栓忠 饰）拉开了曹魏新政的大幕。在宗亲集团的陷害下，曹丕对司马懿起疑，安插柏灵筠（张钧甯 饰）在司马府，一开始，夫人张春华（刘涛 饰）宁肯绝食自尽也不肯接纳柏灵筠。在夫妻二人的相互谅解与妥协中，柏灵筠终于获准进入了司马家。聪慧的柏灵筠也爱上了胸怀大志的司马懿。在之后的甄宓自尽事件里，司马懿请贵嫔郭照（唐艺昕 饰）帮助，犯颜力保皇长子，彻底冒犯了曹丕，半生好友自此决裂。司马懿被罢官回乡。曹叡在丧母的悲恸中长大，将母亲的死归咎于郭照的得宠，一场母子悲剧悄然而生。
黄初三年，春。曹丕将临许都，南门无故自崩，曹丕心中不安，以为不祥之兆，于是绕开许都返回洛阳。一路上郭照连连劝慰，曹丕仍是不安。半途里，曹丕出现幻觉，以为遇见了沦为草民的司马懿。幻境里，司马懿长拜曹丕，君臣二人相对无言，感慨万千。
回到皇宫的曹丕病情加重，就连太医也束手无策。悲恸的郭照意欲隐瞒，然而曹丕早已了然。深夜里，曹丕执意要与皇后郭照同游后园，促膝长谈。思绪万千的曹丕想要修书一封给司马懿，以免后世遗忘，可却已是力不从心，黯然收笔。回顾自己这一生，曹丕悲欣交加，他最终决定重新重用司马懿，但却准备把司马懿的忠心留予新天子。曹丕下密诏，令汲布带领校事府人马去温县接回司马懿。对着皎白冷月，魏皇曹丕与皇后郭照紧紧依偎。
曹丕病情愈发严重，已然时日无多。而东宫里，平原王曹叡对母后甄宓的死耿耿于怀，难以原谅曹丕，就在这时，太监宣曹丕旨意召见曹叡。
大殿里，曹丕当着镇南将军曹休、镇西将军曹真和尚书令陈群的面，下旨立曹叡为皇太子。同时，曹丕下旨封此三臣与司马懿同为辅弼大臣，辅佐曹叡。看着曹休激烈的反应，曹丕叮嘱太子曹叡要善用帝王平衡之术。望着父皇对郭照难以割舍的情感，再想到生母的死，曹叡暗自生恨。幻境里，曹丕看到司马懿抵达，随即病躯难支，龙驭宾天。
公元226年，曹丕驾崩于洛阳。皇帝新丧，再加上之前的伐吴无果，新生变故的魏国让吴蜀虎视眈眈，试图趁虚而入。
蜀国，蜀宫。诸葛亮同马谡夜观天象，见彗星犯紫薇，以为主大国之丧，推测出魏国丧君，天下战事将起，十年之内天下恐怕无宁日。面对马谡对新君曹叡的不屑一顾，诸葛亮他叮嘱不可大意，并断定曹丕一定会留下辅臣。
洛阳，皇宫，一片缟素。司马懿长跪于曹丕灵前，泣不成声。悲恸万分的司马懿灵前立志，要好好辅佐曹叡成为一统天下的明君。曹叡摒退众臣，与司马懿密谈。