共40集
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。 历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
而汉武帝却等不及了，又派出使臣李广利专门征马。李广利到了大宛，以大国钦使自居，出言不逊，威胁大宛公主雪莲。雪莲大怒，在赵胜唆使下，杀掉使臣从人。李广利只身逃出。雪莲并欲再杀张远。 张远机警地逃出大宛，但他辛辛苦苦结盟大宛的努力已毁于一旦。 汉武帝大怒，立即下旨出兵大宛。 张远苦苦劝谏，汉武帝不听。主父偃又一次预言：此战不同大战匈奴，师出无名，必定大败而归。 汉武帝得知，将主父偃下狱，以通敌论罪。主父偃要求：明正典刑，应在征服大宛国的大捷之日。 汉武帝命卫青率兵征大宛，卫青告病。汉武帝又想派霍去病为帅，奇怪的是圣眷正隆重的霍去病也婉言谢绝──他听从了汲黯转达的主父偃警告。