共40集
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。 历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
籍安世要求武帝暂缓几日执行对他的死刑，他保证破玉门关之案。 田鼢等坚决反对，要求对籍安斩立决。武帝犹豫不决。李长生又用戏法召来“东方慧”，通过“东方慧”之口促其立斩卫青。主父偃当场揭穿李长生的把戏。汉武帝恼羞成怒，将李长生赶出宫去。 汉武帝冒险同意籍安戴罪破案。 籍安通过江湖关系，侦知凶手身份。真相大白。 武帝表彰霍去病关外救主。霍去病却告诉他，这是卫青的安排。从他担任大将军以来，重要举措无不是卫青暗中支招。他要求将大将军归还卫青。 武帝夜访卫府，听到了卫青和玲珑坦露心曲，暗自惭愧。他忍不住闯入府内，向卫青道歉。君臣再次同心。 武帝要恢复卫青大将军职务。却被卫青婉拒。卫青认为霍去病年青朝气，应为帅才。自己宁肯为他做配角，张罗粮草，保证供应。武帝极为感动。