共40集
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。 历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
大宛告急，公主雪莲决意釜底抽薪，一方面联合匈奴抵抗。一方面牺牲自己，以救大宛──她混在进贡汉宫的楼兰歌舞美女之中，来到长安宫廷，伺机行剌汉武帝。 楼兰美女们的异乡歌舞轰动宫廷。汉武帝将之作为自己胜利的象征，重赏有加。并让卫子夫也来观赏。李夫人大惊，方知她是皇后。 李夫人心中不安，密告汉武帝，卫子夫以侍从女官身份伺候自己。汉武帝惊疑。但他仍不相信卫子夫会贤惠至这种地步！但他也觉得对卫子夫过份了一点，到她宫中过夜。不想，卫子夫居然婉拒，理由仍是生病。 一姐一弟，都是托病不出。汉武帝由疑而恨，索性明升暗降，夺取卫青兵权。将霍去病破格提拔为统领三军的大将军，让卫青专任负责供应军需的大司马。他以为卫青一定腹诽。不料，玲珑密报，卫青仍是安之若素。