共40集
本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。 历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。
汉武帝痛定思痛，更意识到主父偃的“歪打正着”。看似不讲牌理，其实奥秘无穷。 汉武帝释放了主父偃，待为上宾，推心置腹。要求主父偃代替东方慧，做护国军师。主父偃却笑答，不只东方慧，还要做张固。他不愿意只做备人咨询的谋士，还要作一柄出鞘的宝剑，亲历亲行。 汉武帝却要求他先查出玉门关外弑君大案。 主父偃举重若轻，足不离长安。他命人捉来一只关外大雁，升堂审雁。只是要求田鼢同审。名为审雁，实则审人。鞭辟入里，绵里藏针，审得田鼢汗流夹背。 主父偃没有直接揭露田鼢。汲黯不解。他解释是投鼠忌器。田是太后一党，阴谋尚未全部败露，无法说服武帝。不如等待他恶贯满盈、瓜熟蒂落。 田鼢向王太后求救，认为是卫青坏了大事，怀恨在心，向汉武帝进谗。