共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
张孝绪离奇死亡，玄瑜仙姑称自己会分身术，看见了狐妖杀人的经过，长孙大人此时对仙姑深信不疑，他开始试图说服皇上，张孝绪就是被狐妖杀死的！这时，玄瑜仙姑也走进来，她坚定不移地告诉皇上，武媚娘就是狐妖！皇上说什么也不敢相信，和自己朝夕相处的媚娘竟然是狐狸精，他忽然想起来，昨晚自己一直辗转难眠，总是听见敲门声，但武媚娘却睡得十分熟。尽管皇上不愿相信，但长孙大人进一步举证，张孝绪曾经坚决反对皇上立武媚娘为妃，所以武媚娘才怀恨在心，动了杀机！玄瑜见皇上用情至深，便口出狂言，称可以让武媚娘现出原形。经过大家的一番劝说和渲染，皇上也开始害怕这个睡在身边的女人，他不再陪在武媚娘身边，返回了甘露殿。
另一边，狄仁杰和墨雨、红巾姐妹在一起把酒言欢，这时，阎立本前来拜访，他一脸严肃地向大家讲述了宫中发生的一切。狄仁杰气不打一处来，早就听闻玄瑜仙姑爱蛊惑人心，没想到竟然骗到宫中了！阎立本还告诉大家，皇上前几日让道姑“试探”了一番，没想到，当玄瑜亮出八卦镜时，武媚娘竟然头痛欲裂，体力不支倒在了地上。这样一来，众人都不得不相信，武媚娘的确是狐狸精。皇上网开一面，让武媚娘和小皇子单独待在宫中，虽然没有赶尽杀绝，但也让这对母子饱尝艰辛。
狄仁杰等人跟随阎立本来到长安，见到了皇上，狄仁杰直言不讳，这世上根本没有什么狐妖，一切都是玄瑜仙姑兴风作浪。皇上其实也怀疑此事，便命令狄仁杰秘密调查，要让真相水落石出。于是，为了掩人耳目，狄仁杰和墨雨、红巾等人扮成了太监和宫女的样子，准备悄悄查案。狄仁杰来到武媚娘的寝殿，看见她正在细心照顾孩子，狄仁杰不由得大受感动，遭到这种诬陷，武媚娘还能泰然自若，的确不是一般寻常女子。
狄仁杰下定决心，一定要还武媚娘一个清白，他将皇上对武媚娘的情意一一转达，令武媚娘的心里燃起了一丝希望。红巾和蓝绫扮成了宫女的样子，留在寝殿侍候武媚娘，她们姐妹对媚娘的真性情十分拜服，准备抓到幕后黑手，让事情大白于天下。武媚娘告诉狄仁杰，这几日自己睡得特别安稳，根本没有听到什么敲门声。红巾不由得怀疑，武媚娘是否被人下了m药呢？武媚娘不知道原委，但她当晚却在门缝处发现了血迹，便用手帕擦拭下来，留作证据。墨雨仔细嗅了嗅，发觉这不是人血。狄仁杰陷入了沉思，难道这血迹与敲门声有关？
而后，狄仁杰又去杀人现场查看线索，发现现场留下了许许多多狐狸毛，他继而发现，尸体和碎纸屑以及狐狸毛都只停留在一小块面积上，这个现场太奇怪了，狄仁杰决定想方设法接近玄瑜，找到她身上的蛛丝马迹。