共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
慕容清正准备为皇上施针，没想到王福突然闯入，皇上大吃一惊，不知王福为何要刺杀自己！只见王福一脸无可奈何，他拿出了潜龙王给自己写的信，内容如出一辙，逼迫王福在三个时辰内杀死皇上！话音刚落，王福痛苦万分地捂住腹部，然后一阵白烟从他的口中缓缓飘出，就在刹那间，王福竟然爆炸了，衣服和血肉都炸成了碎片，在场众人十分惊恐。
经过这几次三番的惊吓，皇上准备远离皇宫，悄悄潜到宫外，因为他认为皇宫实在太危险了，可是究竟哪里才是安全的容身之所呢？慕容清在一旁建议皇上去芙蓉园，于是，皇上欣然采纳了这个建议，在他看来，芙蓉园是濮王居住的地方，没有任何人比自己的亲兄弟更可靠。因为这是重要机密，容不得半点泄露，最后，皇上将琐事都交给武媚娘处理，将这件人肉爆炸案交给狄仁杰调查，自己则赶紧出门。
皇上乔装打扮来到芙蓉园，见到了濮王殿下，两兄弟见面似乎分外友好，皇上对濮王也是推心置腹，并未有任何提防之心。另一边，慕容清已经被关回了监狱中，狄仁杰好心前来探望，但慕容清却神色冷淡，对狄仁杰的种种关心置若罔闻，狄仁杰十分不解，自己的一片真心为何会换来如此对待？于是，他失落地离开了。
当狄仁杰走出牢狱，一眼就看到了蒋昊辰，他告知狄仁杰，所有被害者的特点都是曾经患过风寒，狄仁杰灵机一动，莫非问题出在太医署开的药方上？于是，狄仁杰火速来到太医署，仔细查看了医生们开的驱风丹，还让墨雨认真地闻了闻，但是没查出个所以然，倒是太医刘大人直冒冷汗，看起来慌慌张张，原来，刘大人这几天患了风寒，也为自己服食了丹药！话音刚落没多久，刘大人就表情扭曲，继而口吐白烟，蒋昊辰喊了一声快跑，随即将刘大人一把推倒在案台边，刘大人的腹部撞击后马上爆炸了，所幸大家跑的及时，这才没有受伤。
为了找出线索，狄仁杰一丝不苟地研究着丹药，可是它明明只是普通成分制作而成，怎么会有如此大的威力，服下就会在人的肚子里爆炸呢？整个朝堂如今人心惶惶，这可如何是好。自从皇上离宫后，这宫中一切都是由武媚娘说了算，大臣们便纷纷向武媚娘靠拢，狄仁杰见此情景，不由得怒气冲冲地质问武媚娘，为何今日变得如此渴求权势，这还是当初那个单纯善良的武媚娘吗？
武媚娘穿着华贵的衣衫，她再也不想过那种饱受欺辱的日子，所以必须强大起来。两人言归正传，讨论起爆炸案的始末，武媚娘认为，最可怕的便是祸起萧墙，所以当务之急是千万不能泄露皇上的行踪，否则就会让潜龙王如愿以偿了。但是以长孙无忌为首的大臣们可不买账，他们怀疑武媚娘把皇上关在了寝殿，囚禁了皇上的自由。关键时刻，还是狄仁杰出来作证，称皇上是因为烦心案情，才不见任何人。长孙无忌咄咄逼人，就算皇上不理朝政，那摄政之人也应该是太子，说罢，长孙无忌扬长而去，显然，他并没有善罢甘休。