共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
武媚娘将一切实情告知皇上，皇上自然要为美人做主，他走到臣子们面前，宣布真凶乃是潜龙王！文武大臣们一时间议论纷纷，不知潜龙王究竟是何许人也，皇上大声揭穿，潜龙王就是众多案件的幕后策划者，也是意图颠覆朝堂的罪魁祸首！阎立本听言，赶紧站出身来声援皇上，长孙无忌还想多说些什么，但皇上态度坚决，加上许敬宗等人从旁协助皇上，长孙无忌也毫无办法，他一时急火攻心，竟然觉得胸闷气短，身体抱恙。皇上则拉着武媚娘的手扬长而去，不将大臣们放在眼里。
墨雨和红巾积极地为狄仁杰疗伤熬药，经过一阵调养，狄仁杰终于完全康复，阎立本也带来了好消息，武媚娘安然无恙，一切皆大欢喜。阎立本接着告诉狄仁杰，武媚娘并没有当着大家的面拿出密函，她只是与皇上走到后殿耳语了一阵，皇上便对她言听计从了。狄仁杰大为惊讶，武媚娘既然已经有可以洗脱嫌疑的证据，为何不当众拿出来呢？
于是，狄仁杰带着满腹的疑问来到武媚娘寝殿，发现她正在亲手焚烧密函，狄仁杰不由得又气又恼，这可是自己拼了性命拿回来的密函啊！武媚娘缓缓站起身来，她的眼神里写满了绝望和痛楚，自己的孩子接二连三被欺负，甚至被杀害，这种痛苦不是一般人可以想象的，而这一切的源头都是自己太过于软弱！所以，武媚娘准备脱胎换骨，她要强大起来，不再受任何人的欺辱！就算没有密函，她也要依靠皇上的爱和信任活下去，哪怕让朝臣议论也毫不惋惜，而只有群臣敬畏，自己才能赢得权力。狄仁杰惊呆了，他知道，那个单纯善良的武媚娘已经一去不复返了。
长孙无忌在府中养病，他不由得感叹，这个武媚娘看来并非池中之物，以前自己只注重防备狄仁杰，没想到武媚娘也是一个祸患，现在，长孙无忌最怕大臣们都开始忌惮武媚娘，那样的话，皇后的地位将岌岌可危。
另一边，潜龙王也没想到，武媚娘会如此福大命大，经过了这一系列波折还能保住性命。蒋昊辰得意洋洋地笑着，向潜龙王汇报慕容清的动态，慕容清没有和狄仁杰有任何往来，看来是襄王有意神女无情，狄仁杰不过是剃头挑子一头热罢了，潜龙王听了，这才些许放下心来。
愁绪万千的狄仁杰去找濮王殿下谈心，濮王从小在宫中长大，见惯了帝王家的是是非非，所以，濮王殿下对于武媚娘的变化并不惊讶。狄仁杰获悉，皇上已经把朝中事宜交给濮王处理，而濮王则悄悄提拔了一批没有背景的新臣，看来，濮王也在悄悄变化着。
这时，忽然传来了蓝绫的消息，她快不行了！狄仁杰赶紧带着墨雨和红巾回到汴州，看见蓝绫气息奄奄地躺在床上，三人见到这副情景，都潸然泪下，红巾更是声泪俱下地质问狄仁杰，为何他总是能救其他人于水火之中，唯独无法救助蓝绫呢？狄仁杰自责惭愧，恨不得杀了自己，蓝绫虚弱地安慰狄仁杰，让他不要因此自责，更不要去找潜龙王换解药，蓝绫希望狄仁杰能帮助自己打通生死玄关，获得生命最后的精气神。