共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
禾府书斋内，狄仁杰带着墨雨和红巾姐妹慢慢走进去，发现宅子里摆着一个巨大的屏风，如同摆设风水阵法一般，狄仁杰猜想，玄瑜对禾府书斋的一切布置轻车熟路，也许她早就来过这里。几人正在谈话间，红巾突然发现了一间密室，她洋洋得意地推测，看来白日飞升不过是个骗局，玄瑜肯定会将人藏到密室中，再谎称已经飞升成仙。可是，狄仁杰却不这么想，他总是隐约觉得这其中另有隐情。
飞升的日子很快就到了，莺莺在对镜贴花黄，她穿着大红色的喜袍，画着精致的新娘妆容，走上了迎亲的喜轿，申大人也在玄瑜的陪伴下走进了书斋。由于飞升太过难得，皇上带着皇后、萧淑妃及各位文武大臣也一并来到禾府书斋观看，狄仁杰也在暗中牟足了劲，他倒是要好好看看，这个玄瑜仙姑的葫芦里卖的是什么药。
仪式开始，只见玄瑜挥舞着长剑，口中念念有词，过了没多久，她便禀告皇上，申大人与莹莹已经飞升了！皇上很是吃惊，便同长孙大人和狄仁杰进屋查看究竟。果然，这屋子里空空如也，狄仁杰眼珠一转，他迅速推开了密室的门，但是里面根本没有人，狄仁杰困惑不解，他不相信真的有白日飞升。这时，房间外传来了皇后等人的惊呼声，狄仁杰等人赶紧出去观看，惊讶地发现天空中出现了仙姑腾云驾雾的模样！如此一来，皇上相信了玄瑜的诡计，不再给狄仁杰查案的时间。
那么，武媚娘母子则又陷入了困境，狄仁杰深感懊恼，没有及时将他们救出冷宫，可武媚娘笑颜如花，十分坦然，她不怪罪狄仁杰，反而是缓缓分析道，玄瑜最擅长攻击人的心理，此人现在一定想方设法打压狄仁杰的信心，如果听之任之，那就中了玄瑜的计谋。
狄仁杰不死心，他不顾红巾姐妹的反对，执意去见慕容清，结果当他来到太医署后，根本没有寻到慕容清的半点踪迹，只是收到了慕容清留下的一封信。在信中，慕容清缓缓叙述着对狄仁杰的思念，但是物是人非，慕容清早已不是从前的自己，她决定在宫中做一辈子医女，然后将慕容山庄的一半财产送给狄仁杰，只希望他能珍重。狄仁杰心痛不已，他回忆着与慕容清的点点滴滴，心里无限惆怅，正在伤心时，躲在暗处的慕容清竟然走了出来，但她只是意味深长地说了“保重”二字，就转头离开，留给狄仁杰许多遐想。
红巾最看不惯狄仁杰为了慕容清苦苦相思的模样，忍不住在一旁气呼呼地叫骂，墨雨只好安慰她，狄仁杰现在也许正伤心难过呢，还是少说几句话为妙。然后，墨雨将蓝绫当掉的手镯赎了回来，他笑着为蓝绫戴上，蓝绫不免很感动，红巾在一旁打趣道，没想到墨雨还有这份细心，不如做自己姐夫好了。蓝绫的脸红了起来，嘱咐红巾不要乱说话。
皇上命令狄仁杰回汴州，可狄仁杰没有查到真相，他不死心，更不想一无所获地回去。这时，阎立本突然赶来，他知道，狄仁杰不会轻易离开长安，便特意赶来接应。阎立本给狄仁杰安排了住处，分析着白日飞升的猫腻，大家都迷惑不解，玄瑜是怎么做到让申大人和莺莺消失的呢？