共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
狄仁杰准备大张旗鼓地寻找元一道长，红巾不免担心狄仁杰的安危，但狄仁杰却一副胸有成竹的模样，信心满满。红巾与墨雨各种搜寻，但是却没有一个人见过元一道长，他们不禁十分着急，两人寻寻觅觅，最终决定去问问城隍。于是，两人一起来到城隍庙，城隍果然不负众望，说出了道长的下落，就在一座破庙之中！但是，这话也被长孙无忌的人暗中听到了，双方开始争分夺秒的较量。
其实，元一道长是个聪明人，他不愿卷入这场风波，便躲进了一具棺材里，狄仁杰早就看破了道长的想法，他便悄悄尾随，当面截住了道长，狄仁杰不明白，自己曾经与元一道长有过交情，知道他是个重情义的人，可如今却为何助纣为虐？另一边，红巾墨雨来到破庙中，寻找假的元一道长，原来，他们早就洞悉了长孙无忌的阴谋，所以来了个狸猫换太子，让长孙无忌的人扑了个空。
另一边，元一道长向狄仁杰娓娓道来，自己的儿子被凶手挟持，所以不得已才听命于他。狄仁杰动之以情晓之以理，希望道长能够帮助武媚娘洗刷冤屈。正当道长有所犹豫时，蒙着脸的蒋昊辰突然冲了出来，准备杀掉道长和狄仁杰！
关键时刻，红巾和墨雨赶来，与蒋昊辰厮杀成一团，可蒋昊辰穿了金丝护甲，令大家都无可奈何，而刀剑无眼，墨雨更是错手杀了道长！千钧一发时，蒋昊辰刚要对狄仁杰下毒手，被一柄钢刀所挟制，蒋昊辰不得已放弃了对狄仁杰的迫害。元一道长在临终前交给狄仁杰一封密函，那是潜龙王所写，元一道长希望以此能够赎罪。但是，这一切都在潜龙王的计划之内，他早就想利用狄仁杰，来削弱皇后和长孙无忌的势力，潜龙王对狄仁杰的才干十分赞赏，他的话里话外都透露着赞扬之意，令蒋昊辰心里有些不满。
武媚娘想去看看自己的小皇子，却发现小皇子正在被太子欺负，而一旁的教书师傅却坐视不管，武媚娘很是心寒，没想到自己的失势竟然连累了孩子，武媚娘哭得撕心裂肺，但是却无济于事。这时，墨雨将密函带给武媚娘，只要她将密函拿出来，自然能证明清白，至于狄仁杰，此刻正在疗伤，所以不能前来。
但令人意外的是，武媚娘在皇上和文武百官面前称，狄仁杰没有找到证据！群臣一下子纷纷谏言处死武媚娘，唯有阎立本据理力争，想替武媚娘求一条生路。武媚娘倒是云淡风轻，根本不惧怕，她想最后同皇上话别，文武百官不得不答应。回到后殿，武媚娘才把密函交给皇上，皇上明白了真相后，勃然大怒，准备废掉皇后！