共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
如今，狄仁杰还是毫无头绪，方昭可是大唐第一制药高手，连他都不知道，究竟何种火药吞下腹中会爆炸，那还有谁能解开爆炸之谜呢？狄仁杰百思不得其解，忽然，他灵机一动，命令墨雨拿来了那些炸毁的衣物，只见衣物碎片已经变得漆黑，但里面仍残存着一些不知名的粉末，狄仁杰一眼便认出来，这碎末是人身上佩戴的宝石！于是，他开始推演这案发的经过，王福之死、太医之死，桩桩件件都浮现在狄仁杰眼前，他猛然醒悟，不好！皇上有危险！
说时迟那时快，狄仁杰赶紧赶到芙蓉园，见到皇上暂时还安然无恙，狄仁杰一转脑筋，决定演一出戏。于是，狄仁杰便做出了皇上也已经被炸死的假象，并把这个消息散播出去，长孙无忌等人惊诧不已，王皇后则急着让自己的儿子继承大统，但他们并不知道，这一切正中了狄仁杰的下怀。
狄仁杰与武媚娘准备以不变应万变，谁料这时，阎立本火速赶来询问皇上状况，武媚娘谎称皇上已经龙驭宾天了，阎立本一惊，竟然直直地跪在了地上，武媚娘将他拉起来，狄仁杰眼中闪过一丝疑虑。
另一边，蒋昊辰在偷偷摸摸地听潜龙王与慕容清的会话，潜龙王眼尖手快，瞥见了在一旁躲着的蒋昊辰，便将他叫了过来。潜龙王叮嘱慕容清，做大事不要考虑儿女情长，一切都要按照计划行事！慕容清脸色惨白，穿着一身黑衣，默默离开了。蒋昊辰看着慕容清的背影，他不禁十分惊讶，难道潜龙王打算让慕容清杀掉狄仁杰吗？潜龙王未置可否，对他而言，狄仁杰太过于聪明，难以控制，现在已经是舍弃掉这个棋子的时候了。
潜龙王安排着一切，他准备明日入宫，蒋昊辰表面言听计从，暗地里却抽出了长剑，从背后一剑刺死了潜龙王！原来，蒋昊辰狼子野心，他早就打算坐收渔翁之利，代替潜龙王的位置，夺得天下！而在宫中，狄仁杰与武媚娘下着棋，两人其实已经是心照不宣的知己，如今成败在此一举。而红巾在和墨雨望着夜空，他们怀念着蓝绫，不知道哪一颗星星才是蓝绫，但无论怎样，相信蓝绫都会在暗中保护着大家。经过这一系列生死欺起伏，墨雨准备真正和红巾在一起，执子之手，与子偕老。
这时，阎立本匆匆忙忙赶来，告知狄仁杰，他已经得到线报，长孙无忌明早就会带领人去找武媚娘的麻烦，如果坐视不管，武媚娘和狄仁杰都将无法度过这次劫难！而且今时不同往日，阎立本非常着急地对狄仁杰说，为何狄仁杰就不明白现状如此紧急呢？以前皇上还在宫中，但是现在大不如前，长孙无忌掌控着朝政，就等于狄仁杰和墨雨等人时时刻刻都处于危险之中！话音刚落，一个蒙面的黑衣女子忽然闯入屋内，她手持一把长剑，向狄仁杰冲来，墨雨行业红金奋力抵抗，最终重创了黑衣女子，只见女子口吐鲜血，倒在狄仁杰怀里，原来她是慕容清！大家都大吃一惊，赶紧拿药箱来抢救她。
慕容清大难不死，可是她无比伤心难过，宁愿一死，至少换来一个解脱，不用再帮潜龙王做事。狄仁杰眼中垂泪，他不想看到今日的局面，更不想让心爱之人一直受潜龙王控制。慕容清声泪俱下地劝告狄仁杰快些离开长安城，因为潜龙王明天就要动手了。