共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
长孙大人对狄仁杰持有怀疑态度，他派人将狄仁杰请了出去，可是狄仁杰仍然坚持称这世上根本没有飞升成仙，申大人和莺莺都是冤死的！另一边，墨雨在无微不至地照顾蓝绫，蓝绫的心中十分忐忑，不知自己的眼睛能否康复，墨雨只能好言安慰，不管如何，他都会无怨无悔地陪伴在蓝绫身边。这时，狄仁杰有些气恼地走进来，长孙大人一心想着飞升成仙，现在根本听不进去自己的话，幸好神镜书生已经做好了一面特殊的铜镜，帮助自己一臂之力，揭穿玄瑜的真面目。
长孙无忌到了飞升的日子，他前来拜别皇上，然后随着玄瑜离开，进入了房间内。在房间里，玄瑜和长孙无忌面对面坐着诵经，而玄瑜的孪生妹妹玄英从屏风后面悄悄探身，举着一把匕首准备行刺，正当她要行动的时候，长孙无忌突然捂住了胸口，十分痛苦地倒在地上，玄瑜吃惊地试探了一下鼻息，发现长孙无忌已经没有了呼吸。玄瑜冷冷地笑着，早知道如此，自己何必大费周章安排这么大的场面，玄英也恨恨地走了出来，想当年，自己的父亲不过是个文人，就因为做了太子的老师，就被长孙无忌判定为谋反，定了死罪，如今终于报了深仇大恨，真是痛快！
长孙无忌虽然暴毙而亡，但戏还是要演下去，玄瑜打开房门，告诉皇上，长孙无忌已经飞升成仙了，皇上难以置信地进来查看，发现到处都找不到人，就在皇上往出走时，书斋里突然传来了刀剑碰撞的声音，只见墨雨和玄英对打着从屋内窜了出来！皇上看见玄英，不免大吃一惊，狄仁杰刚好求见皇上，准备揭穿这一切真相。
狄仁杰带着皇上在禾府书斋内找到了长孙无忌，及时救活了他。原来，长孙无忌昨日已经想通了，他也对飞升一事抱有怀疑，便特意去向狄仁杰求助，狄仁杰不慌不忙地带着长孙无忌玩儿了一个捉迷藏的游戏，让他在书斋内寻找“消失”的墨雨，长孙无忌兜兜转转走了一圈，根本没发现墨雨的踪影，狄仁杰笑着告诉他，墨雨就是借助屏风的掩护，一直躲在后面，跟着自己推开屏风的步伐移动着，再趁大家不注意的时候，藏身到书柜中，而找过的地方大家一般都不会再次寻找，所以这才没有发现墨雨。毫无疑问，玄瑜也是利用了这个办法，联同妹妹杀害了张大人等人，目的就是要引长孙无忌上钩。所以，长孙无忌在飞升前服下了闭息丸，骗过了玄瑜的眼睛，配合狄仁杰揭穿了她的丑恶嘴脸。
当一切真相被戳穿，玄瑜和玄英还是不服输地叫骂，狄仁杰拿出一面铜镜，里面刻有狐狸图案，无论照射到谁身上，都会显现出狐狸影子，这也是玄瑜陷害武媚娘的招数之一。皇上听了狄仁杰的分析后，勃然大怒，派人拿下玄瑜姐妹，玄英被侍卫杀死，玄瑜拼命逃脱，结果在半路被蒋昊辰杀掉，狄仁杰赶到时，发现杀死玄瑜的是剑气，他心中疑虑大增，究竟是谁杀了玄瑜呢？
皇上知道自己错怪了武媚娘，赶紧来到冷宫道歉，准备接武媚娘母子回去，然后，皇上准备挽留狄仁杰在朝为官，可狄仁杰一心想回汴州，皇上只能让他按照心中意愿活下去。如今，玄瑜一案虽然大白于天下，但狄仁杰还是不明白，到底是谁会使用剑气呢？
三个月后，在一片名为独路林的小路上，两个士兵壮着胆子走过去，夜晚黑漆漆的，十分阴森，据说这里埋藏着大力将军的尸骸，经常闹鬼，士兵们战战兢兢，不知会发生什么。