共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
在朝堂之上，大臣们听说皇后昨夜晕倒了，都以为皇后是被武媚娘所连累，纷纷请求皇上赶紧赐死武媚娘，一时间人言如沸，只有阎立本据理力争，为武媚娘说话。皇上听着大臣们的言辞，想起武媚娘受的种种委屈，心中十分愤怒，但为了大局着想，也为了能找到皇后行凶的铁证，他只好忍气吞声，但雪上加霜的是，陈硕贞在睦州起兵造反，现已攻克了睦州！皇上听到这个坏消息，不禁当场晕倒。
万幸的是，皇上并没有大碍，只需要安心静养，不能过度操劳。当皇上醒来时，赶紧打听陈硕贞是什么人，结果意外得知，此人竟然是一名女子，皇上更加大惊失色，区区一名女子怎么有如此能耐？这时，濮王前来觐见，将回魂丹赠与皇上服用，又多加劝慰，令皇上心中宽解不少。
濮王告诉大家，陈硕贞能够带动睦州造反，继而就能带动江南造反，这实在是太过于可怕！而且，睦州叛乱是因为民不聊生，南方田地大部分都为贵族所有，那些陇西贵族为非作歹，所以逼得农民们不得不反。濮王推荐崔义泫去平定叛乱，经过他的巧舌如簧，皇上同意了濮王的举荐，命令崔义泫为大将军。
狄仁杰不明白，濮王殿下从来不参与政事，为何这次强力举荐崔义泫呢？阎立本倒是觉得这是个好机会，可以挫一挫长孙无忌的锐气。当讨论到小公主之死时，狄仁杰忽然茅塞顿开，王皇后虽然有杀害公主之心，但符水只能在公主脖颈上留下痕迹，却不至于杀人灭口，唯一有机会杀人的就是六月，所以六月的嫌疑最大，她才是幕后真凶的帮手！
想到这里，狄仁杰赶紧准备去捉拿六月，结果意外得知六月被人杀死了！在她死去的时候，手里还紧紧地攥住一枝玫瑰花，狄仁杰明白，是有人在陷害武媚娘，想把六月的死嫁祸到武媚娘头上，可这幕后凶手到底是谁呢？很快，长孙无忌也得知了六月被害一事，联想到小公主被杀，他不禁开始怀疑到王皇后的头上，可是，长孙无忌是王皇后的亲戚，他自然要帮助皇后思考逃脱罪责的办法。
狄仁杰提前告诉皇上，恐怕有人要利用六月的死来陷害武媚娘，皇上很不明白，武媚娘不过是一个弱女子，怎么就这么招人憎恨？狄仁杰一针见血地指出，就是因为皇上宠爱武媚娘，这才为她招来了杀身之祸。两人正在说着话，长孙无忌和褚大人送来了众臣的请辞书，大家众口一词，称皇上过于袒护武媚娘，导致皇后心神不安，所以众臣恳请陛下处决武媚娘！
皇上大惊失色，迫于压力，他只好给狄仁杰最后两天时间，如果狄仁杰没有成功破案，那么，皇上也无法保全武媚娘。如今，时间紧任务重，狄仁杰感到肩上的责任十分沉重，他并没有十足把握破案，希望不要连累墨雨和红巾，所以忍痛将这二人赶走了。