共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
慕容清告诉狄仁杰墨雨两人蓝绫的眼睛治不好了，墨雨难以置信，哭了起来。狄仁杰知道他是关心则乱，告诉他眼下他们应该想办法不让蓝绫知道这件事。
蓝绫觉得自己因祸得福，对人对物更敏感了，墨雨给蓝绫买了兰花、从荷园搜集来清晨的露珠给她擦眼睛，红巾很是羡慕，蓝绫却称墨雨越是对她用心，她越是不好受。
狄仁杰查看陆大人带来的独路林地图发现士兵值夜巡逻的路是林中唯一的一条，而这条路唯一通往的位置正是迎日亭。因此狄仁杰怀疑鬼军所做的事情一定跟迎日亭有关，决定去一趟迎日亭。
迎日亭前矗立着几座石塔，狄仁杰在石壁上发现红色的飞鹰图案跟跟普世殿的飞鹰图案一模一样，几人怀疑这一切又跟洛红尘有关。回去途中红巾说起慕容清在大漠时从狄仁杰手中骗走无字天碑一事，既然鬼军跟洛红尘有关，推断鬼军一定跟慕容清有关。惹得狄仁杰大为不悦。红巾心想狄仁杰既然要证据，她就从慕容清那儿偷来药渣要狄仁杰调查，狄仁杰得知更是不快，不肯调查，称他既然选择相信慕容清，就不会再怀疑她。
红巾跑了出来，伤心委屈的大哭，墨雨邀请她去喝两杯，两个伤心人相互倾诉，同是天涯沦落人，红巾称或许他们两个应该在一起，因为他们两个是多余没有人爱的。墨雨一沉吟答应了。
狄仁杰看见路人因中元节烧元宝祭祖，恍然大悟鬼将军是如何消失又如何出现的，前往陈大人府请求陈大人派兵与同他去独数林，陈大人却大为光火，说狄仁杰是做梦！他已命道长在林中做法，设下禁制，就不会再往林中半步！狄仁杰见他不肯借兵，只得出来。却见屋檐上悬挂的硕大马蜂窝，蚂蜂嗡嗡作响，突然心生一计。
狄仁杰从陈大人府中出来，遇见慕容清，狄仁杰为昨晚的事情跟慕容清道歉，慕容清说她明白狄仁杰的压力大，她知道她现在解释什么都没有用，只有狄仁杰把她当做陌生人来看，她俩心里才会好过些。狄仁杰说他永远都不可能把她当成陌生人看，他只是不知道慕容清为什么也变成了一个谜题，她一直不敢面对慕容清。正袒露心扉之际，突遇走丢哭泣孩童，两人因孩童念起少年学艺之事，一起把孩子送回家。狄仁杰半夜敲门给慕容清买了糖葫芦。
饭桌上蓝绫墨雨两人突然不吵架了，一个给对方夹菜，一个给对方道谢，倒惹得狄仁杰两人很是诧异。慕容清得空来给蓝绫治眼睛，正碰上狄仁杰几人出去，慕容清跟蓝绫说突然想起军营中有事情忘了处理，让蓝绫等她一个时辰。
狄仁杰几人借寻找野生灵芝借口进入独树林，布下陷阱，用花粉号召成群结队蚂蜂，最终致使鬼军露出马脚，中了陷阱，眼见就要收网，捉住鬼军，一黑衣人却突然出现跟他们打了起来！