共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
为了更好的打探消息，狄仁杰准备深入敌人内部，他扮成小太监的模样，潜伏在玄瑜仙姑身边，还谎称自己家中遭遇洪水，特意恳请仙姑给自己家人们算一卦。玄瑜仙姑并没有起疑心，她命令狄仁杰和自己相对而坐，然后缓缓道出，狄仁杰家乡根本没有发洪水，亲人当然是安然无恙的。此言一出，狄仁杰大吃一惊，难道这仙姑真的会神机妙算不成？经此一事，狄仁杰对玄瑜的背景更是好奇，但苦于没有可以追查的蛛丝马迹。这时，阎立本突然想起一个可以帮忙的人手，那便是大理寺寺丞申天命。
于是，阎立本带着狄仁杰和墨雨来牢房外面等候申天命，据说，申大人每天都会来看望一名杀死夫君的女囚，风雨不误，甚至还拜托阎立本为女囚画了一幅画像，看来，申天命与该女囚关系匪浅。果然，在牢房内，申天命与女囚莺莺推心置腹地聊着天，看得出来，申天命爱慕莺莺，但却不得不抓她入狱， 所以心中矛盾重重。莺莺倒是个通情达理的女子，看起来美丽文弱，根本不像杀害丈夫的凶手，她早已看透了生死，不再畏惧。
当申天命走出牢房，久候多时的狄仁杰赶紧上前作揖，在申大人的带领下，狄仁杰与墨雨来到了停尸房，看见了张大人的尸体，狄仁杰一眼便瞧见张大人头上有伤，他断定死者曾经被书架砸中过头部，在死亡后才被凶手拖至大门不远处。可是，凶手为什么要挪动尸体呢？这还是个未解之谜。申天命还告诉狄仁杰，玄瑜这个人神乎其神，自己曾经查阅过各种寺院记载，但根本没有关于玄瑜的记录，不过这世间的确存在一面特殊的铜镜，可以把镜子背后的图案反射到墙壁上。
这时，蒋昊辰忽然赶来，他神神秘秘地将无字天碑交给了申天命！申大人大为惊奇，也十分欣喜，因为有了无字天碑，就可以解开红尘六绝的秘密了。申天命准备悉心钻研无字天碑，便将张大人之死的案子全权托付给狄仁杰办理。
红巾姐妹和小皇子相处得十分融洽，狄仁杰和墨雨也对这个婴孩疼爱有加，武媚娘看着他们，情不自禁地露出了笑容，因为自从红巾等人来了之后，空荡荡的宫殿才有了一个家的样子。吃过午饭，武媚娘仔细地描述着玄瑜“抓妖”的经过，那天晌午，阳光十分强烈，自己站在门外，被玄瑜拿着八卦镜照射，随着一股烟雾袭来，自己感觉头痛欲裂，而身后的墙壁上则出现了巨大的狐狸影子。狄仁杰思考着，也许那烟雾中含有药物，会令武媚娘头疼，至于狐狸影子，应该与玄瑜手中的八卦镜有关。于是，狄仁杰吩咐蓝绫和红巾去悄悄偷盗八卦镜，自己去查查玄瑜的身世。
事不宜迟，狄仁杰带着墨雨来到了城隍庙，他毕恭毕敬地跪下抽签，想询问城隍，玄瑜到底是何许人也？然而，城隍忌惮玄瑜背后的势力，不敢说出实情，只能告诉狄仁杰，有一个神镜书生，可以制造出神奇的铜镜。狄仁杰得此线索，感恩涕零地离开了，准备去寻找这个神镜书生。另一边，皇上正在宴请玄瑜，只见桌子上摆满了美味佳肴，但玄瑜坚持只吃一碟青菜。在席间，王皇后和萧淑妃装出一副相亲相爱的样子，令皇上大为感动，还 以为这两个女人真的改过自新了，但岂料，这一切不过是装出来的一场戏罢了。趁着玄瑜在皇上处赴宴，蓝绫红巾赶紧潜入玄瑜房间，四处搜寻铜镜。