共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
红巾和蓝绫仔细搜查，终于在供桌上找到了一面铜镜，但红巾在供桌上又看见了一个精美的首饰盒，她还在上面看见了祖师爷盗圣的印章，于是，红巾不顾蓝绫的反对，偷偷地卷走了首饰盒。两姐妹返回复命，狄仁杰拿着八卦镜把玩观看，可并未在镜子背面看见任何图案，他有些疑惑，难道这并不是传说中的透光镜？看毕，狄仁杰吩咐蓝绫，把镜子完好放回玄瑜房间。
与此同时，王皇后在皇上面前突发疾病，玄瑜上前装模作样地掐指算了一番，称皇后并不是生病，而是被武媚娘这个妖狐所害。于是，玄瑜带着皇上闯入武媚娘寝宫，结果在寝宫中搜出了红巾偷盗的首饰盒，在里面找到一个被诅咒的小木偶，木偶上刻着王皇后的生辰八字！红巾大惊失色，没想到自己的贪念竟然给武媚娘带来了祸端，证据确凿，皇上一气之下将武媚娘连同红巾姐妹打入了冷宫。
当狄仁杰得知消息，赶紧去冷宫探望，红巾支支吾吾，十分心虚，最后，她迫不得已只好承认了自己犯下的错误。狄仁杰勃然大怒，怪罪红巾偷盗不属于自己的东西，无端引来了一场祸事，这个首饰盒分明是在引红巾上钩！红巾又急又气，心中很是悔恨，不由得后悔地啜泣起来，可狄仁杰仍在气冲冲地责骂，蓝绫见红巾情绪低落，便拽着妹妹准备一走了之，墨雨赶紧追出去挽留二人。
可是，无论墨雨怎样劝说，红巾蓝绫都心意已决，红巾知道这次确实是自己不对，她有些心软，舍不得离开狄仁杰，可倔强的蓝绫执意要离开，墨雨不由得指出，蓝绫并非为了妹妹出头，而是心中喜欢狄仁杰，看不得狄仁杰为了武媚娘呵护备至，所以才赌气离开。蓝绫稍微停顿了一下，继而径自离开，红巾赶紧追出去接着劝慰。
墨雨和狄仁杰正在厨房内帮忙，忽然闻到了与武媚娘门缝中血迹相同的味道，他们循着找过去，发现那是黄鳝的血液。于是，狄仁杰前来请教见多识广的濮王，他想知道，黄鳝的血液会不会吸引什么东西？可是，濮王对此事一无所知，狄仁杰怀疑，一定有某种东西被黄鳝的血吸引，才撞到了门上，产生了敲门声。不得已之下，濮王带着狄仁杰去找申天命求助，可申天命此时仍在全神贯注地看着莺莺的画像，十分神往。
申天命将莺莺的画像放到一只箱子内，然后来到牢房中探望，他不由得十分懊悔，明知道莺莺是因为无法忍受丈夫的暴虐，才错手杀人，可却不得不将她抓来。说到动情处，申天命居然打开了牢狱的锁，他想带着莺莺离开这个地方，可莺莺深明大义，若是自己和申天命逃走，那家人一定会受到牵连，所以莺莺宁愿身死。这时，玄瑜突然出现在牢房中，她称此事仍有弥补的余地，那便是让莺莺白日飞升！
此时，狄仁杰和濮王在牢房外等候，终于将申天命盼了出来，狄仁杰赶紧上前将最近发生的事情说了一遍，申天命突然想起，黄鳝的血液最吸引蝙蝠，狄仁杰恍然大悟，看来那晚有人将黄鳝血液抹在了武媚娘的门框上，将蝙蝠吸引过来，才造就了有人敲门的假象。申天命对此提出质疑，宫中何来蝙蝠呢？看来玄瑜在宫中有内应，这才能偷偷养着蝙蝠。