共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
红巾和墨雨见到狄仁杰忙于破案，也为他焦虑不已，这时，几人忽然从正在煮着的水饺中找到了灵感，那些爆炸而死的人就如同沸水中的水饺，当煮到一定温度时，自然就破了皮儿。狄仁杰忽然想到，有一种矿物质就有爆炸的特性，他们赶紧拿来实验，却没有一种能够正好符合要求。蒋昊辰自告奋勇提起一位善于炼制丹药炸药的术士方昭，狄仁杰虽然之前对蒋昊辰的立场有所怀疑，但见他态度诚恳，便暂且相信。
于是，狄仁杰与蒋昊辰来求见方昭，希望知道何种火药能够遇水而爆炸，方昭仔细看了看药丸，他也束手无策，方昭唯一知道的烈性火药便是黑火药，但这种火药需要点燃，药丸进入人体后如何能点燃呢？蒋昊辰在一旁听着，提出异议，这药丸中可能混有白磷。狄仁杰否决了蒋昊辰的推测，白磷是见光才燃烧，而人体内并没有光线。
调查没有头绪，武媚娘却突然传召狄仁杰，她拿出一封奏章，上面写着奏请太子把持朝政，由长孙无忌辅佐朝政！狄仁杰大吃一惊，难道长孙无忌等人已经知晓，皇上并不在宫中吗？武媚娘未置可否，狄仁杰接着告诉她，太医署开的药丸中可能含有火药，这才导致服用的人纷纷爆炸。
另一边，在芙蓉园内，皇上与濮王殿下悠然自得地下着棋，武媚娘与狄仁杰来访，他们告诉皇上，宫中又出事了，然后便把那封奏章递给了皇上。武媚娘本来对濮王有所防备，但皇上却对其深信不疑，允许他在一旁听着。当皇上知道长孙无忌逼迫自己将政权交给太子时，不免也有些担心，武媚娘赶紧好言相劝，但皇上何尝不明白，长孙无忌已经有了逼宫退位的心思！
武媚娘给皇上出谋划策，建议皇上将写奏章的大臣贬去外地，这样就能削弱长孙无忌的势力，皇上依计行事，当场便颁了一道圣旨，长孙无忌听闻圣旨内容，脸上的表情十分扭曲，颓然地跌坐在地上。武媚娘得知此事，心中洋洋得意，可狄仁杰却心中郁闷，他觉得自己不过是一颗棋子，被人反复利用，玩弄于权势之间，实在可悲！而潜龙王和蒋昊辰则秘密谋划着一切，他们不禁感慨，以前只把狄仁杰当做对手，却忽略了武媚娘，只认为她是个弱女子，如今看来太轻敌了，武媚娘的实力不可小觑，令人堪忧！