共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
如今，凌霄牧已经被抓，狄仁杰和阎立本自然要赶紧询问出潜龙王的下落和真实身份，但令人意外的是，凌霄牧在牢狱中突然发起了高热，继而竟然发疯般地失忆了，他甚至不记得自己究竟是谁，更不知道自己在哪里。狄仁杰一眼就看出来，一定是潜龙王怕凌霄牧泄露秘密，所以毒害他神志不清，疯疯癫癫。
凌霄牧这条线索也断掉了，狄仁杰和墨雨都不禁感慨着，潜龙王真是一个心狠手辣的人，这一切似乎不是结束，而是开始，因为潜龙王的背后一定隐藏着一个巨大的阴谋！阎立本对狄仁杰十分敬佩，因为狄仁杰心中只有百姓，阎立本嘱咐这位知音，一定要多注意自身安全。
另一边，潜龙王和慕容清在一起讨论着目前的状况，潜龙王并不想杀了凌霄牧，反正他已经是一个疯子了，不会泄露任何线索。慕容清脸色黯然清冷，凌霄牧现在生不如死，与其让他苟延残喘，倒不如让他死个痛快。潜龙王冷冷地笑着，凌霄牧此人没有野心，没必要对他赶尽杀绝，潜龙王倒是对狄仁杰很感兴趣，提笔便给狄仁杰写了封信，让他拿捏死我的温柔来换取医者不自医，这是医治蓝绫的唯一方法。
狄仁杰能够看破各种迷案，但是却看不透一个情字，当他收到潜龙王的信时，心中不由得矛盾万分，明知道潜龙王拿到捏死我的温柔，就会祸害天下苍生，但是若不交给他，蓝绫的性命就会被断送，这该如何抉择？愁绪万分的狄仁杰只能借酒消愁，墨雨看出好友的惆怅，便帮忙出谋划策，可潜龙王行事谨慎，根本无法糊弄过去，一边是大唐百姓，一边是红颜知己，何去何从实难选择。
狄仁杰心中矛盾苦闷，便去与蓝绫谈天，蓝绫倒是泰然自若，她只想知道，自己的生命是否快要走到了尽头。狄仁杰眼中都是愧疚和不舍，他慢慢地告诉蓝绫，她的性命恐怕保不住了。蓝绫惨淡地笑了笑，人命由天，都逃不过一死。狄仁杰不忍心见蓝绫如此可怜，一把握住了她的手，询问她是否愿意嫁给自己。蓝绫热泪盈眶，她当然愿意，为了狄仁杰这句话，她已经死而无憾。狄仁杰看着眼前梨花带雨的蓝绫，心中升起无限怜惜，决心一定要找到医治蓝绫的方法。
这一幕被红巾看到，她难以自制地闯进房间，努力说服蓝绫，狄仁杰是因为拿不到医者不自医，心中有愧才想娶蓝绫为妻的！蓝绫又何尝不知道，但是她宁愿欺骗自己，也想得到狄仁杰的心。红巾见姐姐不理解自己的一片好心，伤心地哭着跑了出去，身后的蓝绫亦是悲伤不已，吐出一口鲜血，染红了手帕。
其实，蓝绫心中明白得很，只有墨雨对自己是动了爱情之心的，但是她已经没有多余的时间与墨雨在一起，只能将这片情意许诺来生再还。而且，蓝绫也不愿狄仁杰因为自己而为难，更不愿看见狄仁杰被潜龙王威胁，所以，蓝绫准备不辞而别，不再做狄仁杰的累赘。另一边，狄仁杰苦苦思索仍然没有对策，他痛苦不已，甚至自暴自弃地开始酗酒，墨雨找到他，狠狠怒吼了一番，希望狄仁杰不要再消沉下去。终于，狄仁杰不负众望，他拿出了红巾从慕容清那里偷来的药渣，准备振作起来，思考对策。