共66集
唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，在助其自救后，发现他是断案奇才。适逢皇上派他去感业寺查案，遂决定带狄仁杰一同前往。在感业寺，狄仁杰侦破奇案，化解了一场佛门大劫，并与武媚娘结缘。狄仁杰一鸣惊人，被皇上派往并州，在此期间，他屡破奇案，被称为神判。时有前朝鬼兵杀人事件，狄仁杰前去查看，发现与前朝宝藏及濮王李泰意图造反有关，却被毁灭证据，无法继续。此时，发生武媚娘杀害亲女，嫁祸王皇后之事，皇上召狄仁杰回长安调查。根据武媚娘提供的线索，狄仁杰破获此案，并在李泰的住所找到前朝宝藏，成为濮王谋反的确实证据。而狄仁杰也知道此前破案过程中每遇瓶颈时为他解惑的人竟是武媚娘，只觉武媚娘深不可测，野心更是超乎自己的想象。果然不久，唐高宗因风疾发作，让武媚娘一同上朝，合称二圣临朝。电视剧《通天狄仁杰》正在热播，讲述的是唐高宗年间，阎立本偶遇狄仁杰蒙冤入狱事件，发现他是断案奇才后被委以重任，在好搭档墨雨的协助下开始侦破一桩桩奇案的故事。剧中阚清子饰演的慕容清经历十分坎坷，而且身份不简单。刚开始的时候，狄仁杰一直都在破案，而武则天也从旁协助她，曾几何时，狄仁杰确实是对武则天，也就是民间的武媚娘动心过了的，但是慢慢地随着事情的一步步发展，他发现这个女人很有野心，也很有心计，远远不是自己所能够掌控的，而且她所显露出来的本事也注定了他们两个不能够相爱，之后又看到了武则天怀上了李治的孩子，所以更不可能在一起了。或许两个人有过好感，想要喜欢彼此，但是两个人的性格和内心决定了他们不能够走到一起。最后从历史上面看，两个人是好友，武则天一直很信任狄仁杰，有什么事情都会找他求助。是知己是好友。到底爱不爱，或许，只有他们自己知道了。
狄仁杰向皇上禀报鬼将军一案的始末，皇上大吃一惊，看来潜龙王是想抢夺大唐江山。狄仁杰继续上报，慕容清与此案有很大关联，一定要将她缉拿归案。皇上对此表示怀疑，慕容清刚刚从汴州回来，而且还医治好了自己的头痛病，如此医术高超的医女，怎么会是潜龙王的人呢？狄仁杰一改往日对慕容清的袒护，他斩钉截铁地告诉皇上，要以大局为重。皇上考虑到江山稳固，只好应允。
于是，慕容清被关进了大牢，在牢狱之中，她的心情久久不能平静，始终回忆着自己和狄仁杰相识相伴的点点滴滴，无论是在药王山庄，还是在茫茫大漠，都是那么珍贵，如果可以，慕容清多么希望自己能和狄仁杰白头偕老，永不分离。正当她思绪万千时，狄仁杰赶来探监，昔日的情侣如今剑拔弩张，狄仁杰声色俱厉地质问慕容清，为何要替潜龙王办事？又为何故意不好好医治士兵？
慕容清不肯承认罪名，她只推诿自己医术有限，却绝不承认曾经打落过狄仁杰的铁笔。两人的谈话不欢而散，气氛十分紧张，狄仁杰不忍看着慕容清在阴谋中沦陷，他索性跪在了慕容清面前，苦苦哀求她说出实情，不要再折磨彼此。慕容清一下子慌了神，她承受不起狄仁杰的深情，倒是更愿意被狄仁杰处决，就不用再独自承受痛苦了。最终，慕容清还是不愿透露半个字，她能告诉狄仁杰的，唯有三个字：对不起。
狄仁杰从慕容清那里得不到任何线索，他不由得心乱如麻，这时，潜龙王又来信约狄仁杰在酒肆见面，交换药物。墨雨大喜，既然这样，不如在酒肆设下天罗地网，抓住潜龙王。狄仁杰不这么看，潜龙王此人高深莫测，一定不会自投罗网的。于是，狄仁杰开始探查酒肆附近的地形，一一安排周围事宜，由阎立本和蒋昊辰负责。
果然，当狄仁杰在酒肆中等候时，潜龙王又传来消息，改变了约见地点，狄仁杰赶紧按照事先的安排，自己先前往接头地点，然后发出暗号给墨雨等人，让他们随后跟来。结果，狄仁杰在含光街遇到了假扮成和尚的潜龙王，两人一前一后来到一处染坊，潜龙王终于说出了此行的真正目的，他希望狄仁杰能够归顺自己，甚至许下了共分天下的承诺。
狄仁杰痛斥了潜龙王一番，迅速掏出铁笔想给他致命一击，结果潜龙王身手十分敏捷，不仅成功脱困，还险些将狄仁杰打倒。潜龙王不希望浪费人才，他给狄仁杰留下了一根烟花，只要狄仁杰愿意归顺，就可以燃放烟花作为信号。然后，潜龙王扬长而去，狄仁杰意识到，潜龙王也会弈博术，而且墨雨等人没有及时收到暗号，这说明负责传递暗号的蒋昊辰可能是个奸细！
狄仁杰将心中所想告诉了阎立本，阎立本不由得忧心忡忡，如今皇上十分信任蒋昊辰，恐怕无法撼动其地位。狄仁杰眼珠一转，想出了一个妙计，他带着墨雨和红巾闯入宫中，准备行刺皇上！可想而知，蒋昊辰作为禁军统领，根本没有在皇宫内好好把守，他所安排的都是一些庸兵和自己的亲信，所以，狄仁杰十分轻松地闯入了皇上的寝殿，以实际行动证明，蒋昊辰统领的军队是有疏漏的！这样一来，皇上意识到蒋昊辰统军不力，一怒之下撤了蒋昊辰的职位，将赵宝将军安排到了禁军统领的位置。
夜晚，武媚娘在凤琴殿中看见了徐婕妤的画像，据说这是先帝最喜欢的女子，武媚娘听着宫女的话，忽然头痛欲裂，跌倒在地。另一边，元一道长交给皇后一瓶符水，称只要将它抹在小公主脖子上，就能置武媚娘和小公主于死地。