共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
阿福报告在荼馆发现两个共产党，林队长带人去抓两个人。到了荼馆就立即引起了两个共产党的注意。他们立刻就跑开了。林队长带人去抓，其中一个被林队长打伤了腿。剩下一个在追捕中被林队长开枪打死了。站长找到林队长和他谈了关于追捕共产党的事。最后临别的时候站长问他有没有关于他父母的消息。林队长说都失散这么多年了想找很不容易的。
宋怀珍来到一个客栈，秘密和党组织交接，并给她交代了这次她要完成的任务。主要是打入国民党内部。主要的目的就是查出内奸。
林队长一直在暗中寻找着他的母亲，可是手下拿过来的相片每一张都不像。他也也没有放弃，叫他们继续找。林队长在回到家中，感觉后背有一把枪。到最后才发现是蓝蓝。原来是他的未婚妻。蓝蓝这次来就是问他为什么我们订婚到现在还不结婚。林队长告诉蓝蓝我要找到他的母亲和弟弟并告诉她从他进她们家门第一天就喜欢上她了。在他的心中，只有她一个人。
在牢中，阿德在拷问抓来的一个共产党，可是怎么打都不招。这时林队长来了，林队长进去拷问，没到一分钟的时间就出来了并告诉两个手下里面的已尼招了。
在路中，宋老太太和蓝蓝碰到一起了。老太太的鸡蛋全碎了。蓝蓝叫老太太赔他鞋。老太太说她是哪家的姑娘呀这么没有教养。蓝蓝听着很生气。不过在仆人的劝告下离开了。国民党根据牢中人招供的地来抓人。林队长来到牢中审问抓来的人。可是在查讯中胸口有点难受。这时在另一间牢里宋老太太被抓进来了。林队长来审老太太，老太太告诉他们她就是卖鸡蛋的。这时王新民来了，林队长让他别下那么重手。