共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
王新民拿来狗屎给秦淮开吃，秦淮开拿着狗屎就开始吃了起来。王新民把事情报告给熊局长。可是王新民不死心，想继续逼问秦淮开的老婆。熊局长此时也没有别的办法只好同意。尉司令打电话给熊局长让他晚上去家里吃饭。林队长在楼下碰到王新民，让他注意点自己的行为。王新民来到牢里想让梅梅指认宋老太太就是新来的党委副书记。可是梅梅没有招认。王新民想用死来吓她。可是对于梅梅说她进来就没想着要活着出去。
熊局长来到尉司令吃饭，尉司令把要放宋老太太的事和他说了。熊局长到最后也没有办法推迟只好应承了。王新民还是不死心，想抓住最后的机会指认老太太。在牢里王新民把梅梅和秦淮开放在一起。当着秦淮开的面把梅梅杀死了。秦淮开当时心痛不矣，可是还是继续装疯下去。林队长来到局里找王新民要人，把宋怀珍是自己母亲的事告诉了他。
当时王新民三百六十度大转弯，把宋怀珍从牢里接了出来。由于这些天在牢里的折磨最后老太太晕了过去。林队长和他的手下立刻把她送进了医院。在医院里，娘俩聊了起来，聊起他的爸爸，聊起他是怎么改成林孝成这个名字的。还有关于他弟弟的情况。林孝成告诉自己的母亲他订婚的消息。蓝蓝来到医院看老太太，一进门老太太就认出来她了。