共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
今天是母亲的生日兄弟俩给母亲一起过生日，吃饭的时候赵峰还是劝孝成投共产党，因为这件事情兄弟争执起来。母亲在中间调和着气氛。赵峰现在的伤好的也差不多了,就准备离开这里。
明天赵峰就要离开了，半夜母亲让赵峰试着给他做的鞋子，赵峰想让母亲跟自己一起走，可是母亲并不愿意。赵峰做了一个木雕送给平安，蓝蓝也把自己的私房钱拿给了赵峰。
赵峰回到自己的房间擦着伤口，孝成过来了替他擦着。这个时候赵峰还在想着孙小蝶的情况，想把孙小蝶也送出城，孝成尽量满足赵峰的要求吧，就在孝成转身的那一刻，赵峰叫了孝在一声哥。
跟孝成的家人作了个简易的告别后，赵峰便坐上了去金刚碑的车。走着走着赵峰便让阿福停车了，他去找孙小蝶去了。在找孙小蝶的路上被王新民的人给抓住了，阿福立刻打电话给孝成。
孝成立刻把这事报告给了站长，想让站长出面把赵峰给要过来自己审，还说自己怀疑王新民通共，让站长好好的想想。站长打电话给了熊局长说明了这件事情。
熊局长现在快被王新民给气死了，孝成那边抓着猴子不放，说是王新民通共。没办法熊局长只好决定跟林孝成一起来审赵峰。
回去之后孝成骗母亲说赵峰已经送走了，刚说完母亲便接到一个电话说是赵峰被党通局给抓住了。赵峰的被抓让林孝成手足无措，担心自己被赵峰给供出来。
宋怀珍把赵峰被抓的事情报告给了组织，现在他们开始担心自己安全。
王新民把孙小蝶也抓住了审问她，在王新民的酷刑下，孙小蝶说出了真相，自己只是喜欢他。赵峰那边也在遭受着酷刑。林孝成也过来了，赵峰并没有供出自己跟孝成的关系。王新民故意将赵峰交给孝成审，让孝成感到为难。王新民一直追问着赵峰是在哪里养伤的，在经受巨大痛苦下赵峰什么也没有说。
晚上吃饭的时候母亲问起孝成有关弟弟赵峰的消息，孝成还骗母亲说赵峰已经离开山城了。表舅过来告诉宋怀珍说组织上已经想好了怎么来解救赵峰了。
宋怀珍带着蓝蓝去看公公的墓地的时候被共产党的人给抓住了，还说赵峰被党通局给抓住了。回去之后蓝蓝把赵峰被抓的消息告诉了孝成，让孝成想办法把赵峰给救出来，可是林孝成一时半会想不出办法来。
晚上睡觉的时候林孝成还在做着赵峰被王新民打死的噩梦。蓝蓝劝孝成考虑一下母亲的建议。