共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成回来了，蓝蓝还在生他的气，孝成答应给她重新买鞋，可是蓝蓝还不肯原谅他。父亲镇邦把孝成叫过来叫他怎么处理婆媳之间的关系。孝成把他跟王新民的事情告诉了镇邦，镇邦觉得可是他母亲有什么把柄被王新民抓住了。
母亲也去跟蓝蓝道谦，母亲跟蓝蓝说明了自己心理想的，蓝蓝也原谅了母亲。晚上的时候蓝蓝跟母亲还有孝成一起回去了。临睡的时候又是孝成给蓝蓝端的洗脚水，蓝蓝跟孝成提起了表舅，觉得表舅有问题。孝成表面上说是蓝蓝多虑了，心里也开始怀疑母亲了。
孝成来到站长这里，站长让他全权负责万县暴动的事情。站长也跟孝成说起了王新民监听他的事情，如果母亲真是个共产党的话，他林孝成一定会处理好 。孝成不想因为母亲再被别人给监听。
晚上回去之后站长陈国栋的话让孝成决定去试探母亲，虽然心里很自责。这天张婶回来买东西回来在门口发现了一封信，看着像是孝成的笔迹，母亲就把信给了孝成。孝成故意把杯子打翻然后让母亲来擦，母亲看到了信中的内容。这让宋怀珍感到很可疑，叛徒不是已经除了，怎么又会用这种联系方式呢。吃饭的时候母亲都心不在嫣的。吃完饭后母亲悄悄的回到房间中把从信中看到的内容给写了下来，孝成那边也回到自己的房间中打开监听器，开始监听母亲。听母亲那边有些不太对劲，孝成连忙跑过去看看，母亲正在看书。这正好打消了孝成的怀疑。
待孝成走后母亲又开始查看信中的内容，看着信中的内容宋怀珍怀疑着难道起义的事情被暴露了。
孝成躺在床上辗转难以入眠，想着刚才的事情。早上吃饭的时候孝成还没有起来，母亲就准备出门的时候她注意到了儿子在监视自己，现在不能就这样送情报了，宋怀珍故意把脚给扭了。
宋怀珍回到自己的房间中还在想着起义的事情，怎么才能把情报传出去呢。早上母亲趁孝成出去的时候，在家时做着发糕，让张婶给孝成手下的兄弟送过去。张婶拿着大箱的发糕来到保密局，孝成把发糕先拿到了自己办公室中。张婶在孝成的面前说着自己母亲的坏话，待张婶出去之后孝成检查了下装发糕的箱子，然后才拿去给兄弟们吃。
孝成回去之后把帽子忘在了办公室里，晚上的时候孝成还要出去办事。 母亲看着蓝蓝现在怀着孩子，孝成还整天不呆在家中，心里挺难受的。现在宋怀珍最大的担忧就是想着情报有没有送到惊蛰的手中。
张婶的儿子找到张婶又问她要钱去赌博。孝成急匆匆的来到找到站长说万县暴动的情报是假的。孝成开始怀疑是不是有人把情报给泄露出去了。这件事情只有孝成和站长知道，站长让孝成给他一个合理的解释。
孝成去表舅那里了，都中午了还没有回来;母亲担心着孝成的安全。准备打电话给他的时候孝成正好回来了。孝成回到房间中打开监听器没有听到什么有用的信息，却听到了张婶跟他儿子的谈话。