共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
张婶的儿子因为赌博欠了王新民一些钱，王新民将张婶的儿子给抓了起来，逼迫张婶让她来监视孝成的母亲。
宋怀珍跟牛太太在一起打麻将的时候，故意把外面的局势说的很危险，这时牛太太想起了自己的孙子，整个人都没有心情打麻将了。
宋怀珍跟上级说了自己跟牛太太说了她孙子的事情，组织上也已经找到了牛太太的孙子。孝成跟母亲一起来到父亲的墓碑前，给父亲送些祭品，孝成也希望虎子也能来看望父亲。
虎子刚回来就看到孝成抓了几个共党。在林孝成的严刑逼供，孝成也只是得到一些没用的消息。虎子找到了组织，他希望组织能够帮自己联系上徐德光。
牛师长的下属因为军饷的事情而斗欧。现在加上共党的引诱已经有一些士兵想要变心了。正开会的时候吴参谋长进来了要自己的手下讨个公道，可是胳膊还是拧不大腿。
孝成刚一回家张婶就过来在他面前说着老太太的不是，就准备睡的时候听到外面一阵嚷嚷。原来是吴参谋长要孝成替自己出口气。张婶悄悄的在外面偷听他们的谈话。蓝蓝气冲冲的下楼来说孝成不该在家中谈公事。凡事要讲个证据，没有证据孝成也没有办法。
儿子让张婶快点去跟王新民报告情况，好问王新民要钱。张婶刚回来的时候，蓝蓝让老太太陪自己一起去吃酸东西，就在房间里找东西。走的时候母亲忘了带钱，回来的时候正好看到张婶从自己的房间中出来。回去一看果然发现了不太对劲。
牛师长跟镇邦说了逃兵的事情。张婶把在老太太房间中看到东西跟王新民说，王新民想让老太太把那本书给拿过来，这样就给她钱。
这天张婶和一个送米的来到家中把老太太的那本翻译书给偷了过来。老太太把张婶在自己房间中翻东西的事情告诉了表哥，表哥回去跟猴子一打听，原来张婶还真是个眼线。虎子找到赵副官随便谈了一些事情，正好被孝成的人给盯上了。
晚上的时候母亲跟孝成商量着让张婶走，可是蓝蓝不同意。这天蓝蓝找到张婶跟她说老太太要赶她走，还说自己肯定是不会让她走的。
晚上虎子请赵副官，想让他帮自己约徐德光。赵副官刚走阿贵就过来了。虎子偷机将枪放在了舞女的身上，才没有给阿贵留下把柄。
宋怀珍老太太来到牛太太这里两个老人聚在一起包饺子。牛师长说他约好了一个古董商，要把家里的古董给卖了，可是牛太太不同意，宋怀珍趁机劝牛太太让牛副官不要再打了。宋怀珍一看那个所谓的古董商便有些眼熟。