共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
站长抓住了孝成的孩子和蓝蓝，让他去抓宋怀珍;孝成要求听听蓝蓝的声音，现在蓝蓝被陈国栋给软禁了，哪里也去不了。
现在孝成都不知道该相信谁了，唯一相信的人只有阿贵了,孝成找到阿贵让他帮忙寻找蓝蓝和平安的下落，并让阿贵当着自己母亲的面说些什么。
晚上母亲还在念叨着平安和蓝蓝。阿贵跑来告诉孝成说
他由于身份复杂去不了台湾了，要派他去新疆潜伏，母亲也劝孝成不要去。
孝成拿着蔚司令的那半份冷箭计划并给了母亲，表面上装作和共产党合作，还跟母亲说自己想要加入共产党。宋怀珍一听儿子这么说，别提有多高兴了。
赵峰乔装一个卖菜的混入了山城之中，安排着手下的人准备着冷箭计划，以及去台湾人员的名单。阿贵派出的人终于找到有关蓝蓝的下落。宋怀珍跟组织上说孝成想要投入共党，可是组织上怀疑孝成并不是真心的跟要加入共党。
阿贵把可能藏蓝蓝的地方告诉了孝成。这天晚上孝成带人来到关押蓝蓝的地方，进去一看什么人都没有。原来陈国栋把蓝蓝他们转移了地点。
孝成回去母亲告诉他，组织上已经同意了他加入共党，为了试探孝成，宋怀珍想让孝成拿到另外半份冷箭计划。孝成找到站长跟他要另外半份冷箭计划，站长并没有立刻就给他，陈国栋再次拿蓝蓝的安全要挟孝成，让孝成挖出眼镜蛇到底是谁。
孝成回去之后告诉阿贵让他收敛点，并去小纪那里要了份北湖监狱的人事档案。小纪把阿福临死前交待的话告诉了阿贵，阿贵更加的难过了。
孝成把人事档案交给了母亲，母亲安排孝成跟自己的上级见了个面，孝成跟上级打听着眼镜蛇的情况。孝成和母亲回去见到了赵峰，赵峰跟母亲说明了下表舅的现在情况。赵峰怀疑孝成的投共的心意，无论孝成怎么说，赵峰都不相信。
晚上母子三人在一块吃饭，赵峰跟孝成又斗了起来，赵峰把自己的怀疑告诉了母亲，可是母亲也不相信赵峰。
孝成把见到的宋怀珍的上司告诉了陈国栋，还把组织的地址告诉了陈国栋，陈国栋于是便把那另外半份冷箭计划给了孝成。孝成跟蓝蓝通了个话，知道蓝蓝现在还好，孝成也就放下心了。