共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
母亲回去之后告诉林孝成说自己又被共产党给找了，孝成觉得很蹊跷，开始怀疑母亲的身份。母亲做着孝成的思想工作，孝民最后只好答应了帮忙救弟弟赵峰。
林孝成悄悄的找了在牢房里工作的人，让他把一包药放在犯人的饭中。王新民还是不断的审问赵峰，林孝成和他母亲宋怀珍在共产党中到底是什么身份，赵峰什么都没有说，王新民把孙小蝶带到赵峰的面前，以此来要挟赵峰。看着心爱的人在自己面前受这样的苦，赵峰想死的心都有了。最后赵峰还是什么都没有说出来，现在赵峰不断的在想着有什么方法可以洗脱王新民对哥哥和母亲的怀疑。
孝成一直盯在牢房的外面，这个时候过来一个挑粪的，说是共产党派来救赵峰的，要是一看赵峰的手，原来是他自己割腕了，只好自己走了。王新民来到牢房里一看赵峰奄奄一息的立刻把他送到医院里。
王新民告诉林孝成说他准备把赵峰转到北湖监狱里，那里是只关压死刑犯的地方。宋怀珍趁买菜的时候表舅告诉她，赵峰差点割腕自杀，不过现在已经救过来了。
回去之后孝成告诉母亲说是共产党想要杀赵峰，这跟母亲的意思完全相反。孝成告诉母亲说王新民准备把赵峰转到北湖监狱里，可是孝成也没有能力。
孝成把自己跟赵峰的关系告诉了阿贵和阿福，想让他们帮忙一起去救赵峰。王新民估计共产党会在转移的路上把赵峰给救走，这正好被孝成给料到了，孝成决定另外想一个办法。大家在一块商量着怎么把赵峰给救出来。
阿福阿贵提前看好了牢房外面的地形，计算着怎么来把赵峰给救出来。吃饭的时候赵峰从饭中发现了孝成给他传的纸条。
母亲回去之后一想起赵峰的情况就怀不自禁的哭了起来，孝成告诉母亲自己已经有了如何营救赵峰的方法了。孝成给蓝蓝安排好了任务，蓝蓝就知道孝成是去准备救赵峰的。
第二天王新民的人提前想将赵峰给带走，赵峰故意问 有个重要信息想告诉熊局长，以此来拖延王新民的时间。熊局长来到赵峰面前，赵峰只愿意将那个消息只告诉熊局长一个人。
听说王新民想提前把赵峰给带走，孝成立刻打电话给阿福，让他改变行动。阿福又打电话给蓝蓝，让她改时间给自己的父亲，阿福把他们的行动告诉了蓝蓝。