共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
阿福去机要员那里并没有得到冷箭计划的名单。心里想着只有在路上截取冷箭计划的名单了，这是最后的机会。
惊蛰没有传回来消息，现在宋怀珍能做的只有等待了。半夜惊蛰发来电报给组织了说明了冷箭计划的一部分，让他们做好准备。
就在阿福和阿贵准备去护送冷箭计划的名单时，孝成过来告诉大家计划取消了，上面安排了指导老师教大家潜伏的常识站长另外安排了人手去护送名单。时间一分一妙过去了，孝成派过去的人说他们的人安全抵达了目的地，孝成这才放下心来。
孝成把阿贵、阿福等人叫了过去说送去的名单被共军给截取了，让他们主动说出是谁出场了情报。看叫来的人都没有说出来，孝成只好一个一个去他们的家中搜了。阿福正焦急的等着，突然阿福说肚子疼要去上厕所，阿贵也去了，阿福趁机将阿贵给打昏了。
孝成在阿福的家中发现了一台电报机，便知道了这个惊蛰就是阿福，这个时候蓝蓝打来电话说孩子生病了，要他立刻回来。阿福来到小纪那里，跟小纪亮明了自己的身份，用枪逼着小纪把冷箭计划的名单给拍了起来。走的时候阿福带劝小纪说阿贵是个好人。
阿贵醒来之后还不明白是怎么回事，他怎么也不相信阿福就是那个内奸。现在站长正派人四处寻找阿福的行踪。孝成回去之后一看孩子只是普通的感冒，就把自己叫回来了非常的生气。
阿贵打电话给孝成说阿福就是那个惊蛰，孝成准备去抓阿福母亲拦都拦不住，母亲一激动昏了过去。阿福乔装了一下准备出城，在城门口那里遇到了阿贵，看在多年的兄弟份上，阿贵想要放阿福走，却被后面来的人给抓住了。
阿贵借保密局的身份把阿福给押走了，阿贵想让阿福去跟孝成认错，可是阿福并不改变自己的信仰。 兄弟俩这么多年了，没想到却是今天这样的下场。阿福想死在阿贵的手中，可是阿贵怎么会下得了手呢，最后阿福拿着阿贵的手对着自己开了一枪，走的时候阿福的脸上还是笑容。留下阿贵在那里歇斯底里的哭。
孝成带着母亲去医院看病，医生告诉他是因为母亲贫血造成的，医生把母亲抽血的事情告诉了孝成，孝成还一直蒙在鼓里，尽量非常的惭愧。
局里打电话说阿福死了，母亲带着病去看望阿福;阿贵坐在阿福的墓前，对着黄土说着自己内心的所想。孝成和母亲也来了，回去之后孝成还因为阿福的死情绪低落。
站长就阿福的事情让孝成给自己一个交待，阿福偷的情报现在还没有找到。