共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
阿福，阿贵在外面瞎逛;站长的人过来了，说担心牛师长可能劫狱，便回到牢中一看果然看到了猴子在牢时鬼鬼祟祟的，牛师长早已经走了。看牛师长跑了，站长立刻去通知林君子成。
牛师长回到总的时候，牛师长的手下已经准备好了。听说牛师长想要造反，蔚镇邦立刻派人去包围牛师长的总部。孝成听说牛师长跑了大半夜要去局里，可是母亲和蓝蓝极力阻止，蓝蓝一激动肚子突然很疼，孝成只好陪蓝蓝一起去医院里。
牛师长这边刚准备好，就被蔚镇邦的人给包围了。现在外面已经打的炮火轰天了，为了掩护牛师长走手下的人极力抵抗。王新民听说牛师长跟蔚镇邦的人干上，也想去凑个热，去了牛师长的家中。
王新民带人来到牛老太太这里，牛老太太和几个身边的人誓死抵抗，最后只剩下牛太太一个人了也自杀了。蓝蓝躺在医院里，听到外面的枪声这么厉害，担心着孝成的安全。
牛师长一看自己的母亲死了悲痛欲绝，林孝也带人追了过来，赵峰只好先带着牛师长走了。看着牛太太尸体，孝成派两人留下来看着老太太的尸体不让任何来碰。
第二天蔚镇邦清理着战场，好好的收理着牛太太的尸体。牛师长跟孝成的表舅会了面，赵峰还在山城里。为了搞清外面到底是什么情况，蓝蓝不顾自己的身孕跑到父亲那里打听着消息。谁知正好和赵峰他们遇到了，双方又是一场激战，蓝蓝还中了枪。为了掩护赵峰走，宋怀珍也出来了。蓝蓝快要生了，孝成抱着蓝蓝就往医院里跑。
赶到医院后医生告诉林孝成蓝蓝现在情况非常的的严重，让孝成做出一个选择是要孩子还是大人。蓝蓝那边告诉医生要保往孩子，可是母亲和孝成都想保大人。蓝蓝躺在床上歇斯底里的说着要保孩子，母亲在外面劝说着她。
蔚镇邦也赶到了医院，现在大家都守在手术室的外面着急那分。随着一声哭声，医生出来了说蓝蓝母子平安，孝成悬着的心终于落下了。出来之后阿贵吵着要喝喜酒，牛师长那边大部分的人都抓住了，可是还是跑了一千多。蓝蓝现在是没事了，可是宋怀珍又担心着赵峰的安全。现在孝成在山城里到处都是孝成的眼线，母亲极力阻止孝成去抓赵峰。
赵峰中了一枪躲在一个人家中，半夜护士给蓝蓝送药的时候宋怀珍趁机拿了一点的消炎药。孝成也过来看望蓝蓝，蓝蓝想让母亲来照顾自己，还说自己理解母亲以前的行为了。
宋怀珍一个人悄悄的来到赵峰的藏身之所将那瓶消炎药给赵峰用上，可是这些药效果并不好，宋怀珍一直守在儿子身边直到天亮才离开。母亲又来到医院看望蓝蓝。站长组织了一个特别行动小组，主要任务就是战后破坏，让孝成任这个小组的组长，王新民任副组长。
为了给儿子弄到药宋怀珍把自己的手给划破了，趁机问去护士那里多弄点药，可是赵峰需要的药都在保险柜里锁着的。表舅提了几条鱼过来看望蓝蓝。宋怀珍把表舅叫到了一旁让表舅给赵峰弄点药，表舅替宋怀珍想着办法。