共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
一大清早，蓝蓝给孝成打电话，老太太接的电话。蓝蓝一听是老太太。轻声轻语的说。可是老太太可是没管那么多就挂了她的电话。站长找到孝成问他有没有查出最近恢复委书记的踪迹。在他们俩聊天中，站长有怀疑他母亲的想法。一直旁听侧敲的拿话点他。孝成回到办公室接到电话，尉司令让他晚上带着他的母亲来家里吃饭。
效成和他母亲在尉司令家吃饭，在期间尉司令问林母对孝成和蓝蓝的事有什么意见。孝成的母亲觉得他们不合适持反对态度。回到家中，孝成拿到一封信，看过以后急急忙忙的就走了。宋怀珍锁上门进了他的书房。另一方面林孝成去抓人去了。林队长的手下来到家里来看老太太，在说笑之间听他们讲起他们的任务。说完后他的手下告诉老太太什么都不要说呀。这是保密原则。
老太太上街买菜去，看到了疯了的秦淮开，老太太上前和他说话并给了他点钱。不过在旁边被王新民的手下和林队长的手下看到了。孝成的手下马上到局里汇报了情况，手下报告秦淮开这个人不能留了。林队长告诉他们，一切让他们自己看着办吧。在接风宴上，来了很多客人，这时蓝蓝来了看到楼上的老太太正在迎接客人。她急忙上去把老太太叫了下来。说你穿的衣服像老妈子似的。把老太太领回家里。同时在家里王新民的手下在老太太的家里装了窃听器。蓝蓝叫老太太进去换件衣服。找来找去也没有找到好看的衣服。蓝蓝准备叫老太太上街买两件，老太太说她不去了。觉得他们都是冲着衣服去了。
王新民一直窃听老太太家里的情况。尉司令来找老太太问她为什么不同意他们俩的婚事。老太太讲明了他们是乡下人配不上他们家蓝蓝。另一头窃听的王新民觉得不够乱就打电话给蓝蓝说他爸爸因为他和孝成的婚事在求老太太。蓝蓝一听气就上来了去找老太太。正在蓝蓝要进门的时候听到老太太正在说她的大小姐脾气。蓝蓝说老太太是为老不尊。孝成让蓝蓝走。蓝蓝哭着离开了。尉司令看到女儿在房间里哭也是说不出味来给孝成打电话说他和蓝蓝的婚事就算了。
蓝蓝很不好意思。不知道说什么好了。坐在老太太旁边给她削苹果。边说自己年纪小不懂事。希望她不要怪她。削好苹果以后蓝蓝给老太太吃，可是老太太不吃，蓝蓝就说她爸爸都没有吃过她的苹果。说效成说过找到老太太他们就结婚，老太太说以后再说吧。蓝蓝当时就生气了，跑回家了。