共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
怀珍把牛师长被抓的事情传达给上级组织，顺便问起赵峰的消息;可是还没有赵峰的一点消息。
晚上蔚镇邦找到陈站长还是跟他说牛师长的事情;张婶找到王新民问他要钱，王新民为了打发张婶走只好给张婶钱。出来的时候正好被孝成遇到了，张婶把五新民让自己监视老太太的事情告诉了孝成，孝成带着气开门见山的就说让张婶监视自己的事情。张婶回去之后清清东西便离开了林家。
赵峰收拾好东西便准备离开孙小蝶的家，孙小蝶有一丝的不舍。赵峰离开孙小蝶那里便去打表舅，表舅告诉他牛师长被抓了。组织想让赵峰赶快离开这里，可是这个时候只有赵峰跟牛师长比较熟悉。至于牛太太那里好像也有点动摇了。
宋怀珍再次找到牛太太直接挑明想让牛太太和牛师起义，可是牛太太一直忠于党国。蓝蓝埋怨着母亲不在家给自己做饭，宋怀珍回去之后带了几件衣服说是牛太太让给牛师长带过去的，孝成想替母亲送，牛太太说了只让她送。
王新民这边想着要是牛师长在牢里有个三长两短的话，肯定会让孝成吃不了兜着走。孝成陪母亲一起去看望牛师长。趁孝成出去的空，母亲把牛师长赶快写个手谕好去部署。
拿到牛师长的手谕后组织便派赵峰去联系牛师长手下的三个团长，提前做好准备劫狱去救牛师长出来。宋怀珍又来牛太太这里说她的孙子，徐德光在监狱里被打死了，牛太太一听更激动了。宋怀珍还把她孙子的信给牛太太，孙子现在忆经加入了共产党。这个时候牛太太开始怀疑宋怀珍的身价，宋怀珍跟牛太太挑明了，这下牛太太算是明白了，他们都是串通好的，可是太不会离开山城的。
赵峰拿着牛师长的手谕去找他手下的团长，那几个团长都答应了，然后商量着怎么去救牛师长出来。
王新民派猴子去牢里毒死牛师长，牢里的看守已经被他们买通了。赵峰问表舅到达在山城里是谁的老妈子，表舅怕他们兄弟两兵刃相见，没有告诉他。
孩子还没有出征母亲便拉着孝成去买些孩子的用品，谁知正好被赵峰给看见了，赵峰一直跟着他们去了林孝成的家门前。最后母亲把孝成的事情都告诉了赵峰，赵峰简直就不敢相信孝成就是他的哥哥。
赵峰跟几个一同来到牢里把牛师长给救了出来，从牢里出来后牛师长并没有离开，而是跑回去看自己的母亲。牛师长劝母亲离开山城，可是母亲怎么也不肯离开这里。
王新民的人赶到牢房的时候，牛师长早就被赵峰给救走了。