共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
赵峰跟熊局长提着要求，如果他提供了消息，就要让熊局长给自己一个身份去香港。林孝成也来了，赵峰在背后悄悄的将手铐给解开，趁熊局长一个不注意，立刻把熊局长给挟持住了。
蓝蓝打电话给父亲，可是父亲并不在家，只好又打电话给司令部，蔚司令这个时候正在司令部开作战会议，什么电话都不接。为了把熊局长给救出来，孝成愿意作赵峰的人质。
为了演的更加逼真孝成开枪把自己的胳膊给打了一枪。赵峰拿着枪指着孝成的头走出了牢房，王新民也拿着枪指孙小蝶让赵峰把林孝成放了。双方就这样僵持着，最后还是赵峰把枪给先放了下来，眼看赵峰就要把枪给放了，孙小蝶拿着王新民的枪自杀了。看孙小蝶死了，赵峰简直像发了疯一样。赵峰挟持着孝成往外跑，让熊局长准备一辆车给自己，王新民甚至怀疑赵峰跟孝成唱又簧，熊局长为了保住自己的位子，只好答应了赵峰的要求。蔚司令那边也发话了，不能伤着林孝成。
赵峰挟持着孝成进了车，可是王新民还是对着车开枪，孝成中了一枪，蔚司令来了王新民他们才停手。 赵峰开车一直来到一片林子里，阿贵已经了等在那里了。兄弟俩就在林子里道别了。阿贵开着车带赵峰走了，留下孝成一个人走回去，走到医院的门口就倒下了。
半夜阿福过来告诉老太太说孝成受了重伤现在在医院里情况非常的危险，母亲连忙跑到医院里。蓝蓝和蔚镇邦也在手术室的外面非常的着急。
医生出来告诉母亲说孝成虽然子弹取出来了，但是孝成患有血友病，需要大量的血液母亲立刻将自己的血液输送给孝成。600CC的血对于宋怀珍这样一个老太太来说是非常的严重的，可是孝成需要长期的血液供应，为了救儿子的命宋怀珍只好长期给儿子提供血液，还让医生不要告诉孝成。
现在王新民非常的生气，赵峰就这样在自己的眼皮底下跑了。王新民的人在林子里发现了一些蛛丝马迹，想抓住林孝成的辫子。
母亲做了些中药给孝成送来，蓝蓝却阻止母亲不让给孝成吃些乱七八糟的东西，趁母亲来医院的空蓝蓝想让母亲去查查。
大街上报纸上到处说蒋委员长即将来山城督战、为了迎接蒋委员长，站长还特定做了一件军装，跟王新民商量着毁城计划同时提醒着他注意自己的行动。
阿贵和阿福在外面瞎逛看到了新来机报员眼睛都直了。