共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成跟街坊邻居打听着孙小蝶孩子的下落，可是并没有打听到。孝成赶到医院里，看母亲没事这才放心、听说孝成并没有抓住赵峰，母亲也放心了。
王新民那边也在不断查着赵峰的信息，听说赵峰跟舞厅的一个舞女有联系，王新民立刻派人去查那个舞女。半夜孙小蝶才回来，然后把自己的一个珠子交给赵峰，让他去李婆婆那里接妞妞回来。
阿贵一直守在李婆婆家门口，饿的实在不行了，只好跑问问李婆婆要了碗稀饭。谁知刚喝完稀饭就被王新民的人给抓了起来，还痛打了一顿。李婆婆一看那珠子就知道是孙小蝶让来的，便把妞妞交给了赵峰。
听说儿子要投共牛太太，怎么也想不通。这时打来电话说徐副官被保密局的人抓了，牛太太便让儿子打电话给蔚镇邦，让孝成把徐副官给放了。
孝成审问着徐副官问他一些赵峰跟牛师长的谈话，徐副官什么都没有说，最后孝成只好用酷刑来招待徐副官。现在只要牛师长反了，他手下的兄弟也没有什么意见。孝成从徐副官那里一点信息也没有得到，站长告诉孝成说明天早上蔚镇邦就要来要人，这里他会顶着的。
王新民把阿贵痛打一顿之后才交给孝成;孝成去镇邦那时，听说镇邦正在气头上，只好回去了。阿福有急事找孝成，打到蓝蓝那里，孝成也不在那里。
孝成很晚才回去，蓝蓝埋怨着他。赵峰暂时先在孙小蝶这里躲着，赵峰的手受伤了，吃饭不方便孙小蝶便主动的喂他，两人聊得非常有缘，看的出来孙小蝶喜欢上了赵峰。
早上吃饭的时候蓝蓝告诉孝成昨晚阿福打电话来了，说有急事找他，孝成没有吃早饭便去了蔚镇邦那里。孝成跟镇邦解释了下他跟牛师长的事情。一听徐副官死了，这让孝成也莫名其妙的。
阿福把昨晚的事情告诉了孝成，站长后来见了徐副官，阿贵怀疑是站长把徐副官弄死了。站长伪造了一份孝成的报告给镇邦，之后孝成便带了几个人来到牛师长那里，把牛师长抓了起来。
听说自己的表弟徐副官被杀了，牛师长非常的生气，站长还咬定牛师长也要投共，这个时候蔚镇邦来了。蔚镇邦会想办法把牛师长救出去的。出来之后蔚镇邦教训着孝成，别做胳膊往外拐的事情。
听说儿子被抓了牛太太便打电话给了宋怀珍，牛太太一直气不过昏了过去。孝成回来之后母亲告诉他说牛太太知道了她儿子被抓的事情，想孝成把牛师长放了出来，这让孝成也感到难办。
宋怀珍来看望牛太太做着她的思想工作。宋怀珍把牛师长被抓的事情传达给上级组织，顺便问起赵峰的消息。