共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成一直担心王新民被抓时对陈站长说过的那些话，现在陈站长可能怀疑他了，孝成把自己的担心告诉了蔚司令。现在大家都开始考虑去台湾的事情，蔚司令建议孝成让她母亲守在这里，还怀疑她母亲是共党。可是孝成一直没有找到母亲是共党的证据。孝成求蔚司令给母亲也弄张去台湾的机票，可是蔚司令不同意他母亲去台湾。
王新民的老婆找到站长说王新民之前抓住一个人可以证明孝成是共党，过来一个人说在王新民家搜出了八根金条和一些文件，站长一看更加生气了，让他老婆去停尸房认领王新民去。
自从上次的事情后那个废弃的电台就再也没有接到任何消息，站长感到有些可疑。孝成收到一封信里里夹了一张杨立波的照片。孝成想让母亲帮个忙让自己跟共党的见个面，母亲只好答应了。
站长也开始怀疑孝成了，派人私下查林孝成。孝成在家里跟共党的人见了个面，母亲一直在门外偷听他们的谈话。阿贵借公务的时间又去追那个叫小纪的机要员。
蓝蓝跟孝成谈起了去台湾的事情，蓝蓝也想让母亲守在这里。小纪在外面捡了一张报纸上面写着有关共党建国的事情，阿贵连忙把它收了起来。
孝成跟母亲说了蓝蓝和平安去台湾的事情，还让母亲跟自己一起去，可是母亲是一百个不同意。熊局长的老婆告诉蓝蓝自己去不了台湾了，蓝蓝在街上看到了母亲排队给自己买酸辣粉的，非常的感动。
宋怀珍把儿子想让自己去台湾的事情告诉了组织，组织上感觉她这个时候是最危险的时候，宋怀珍是一心的想把孝成给拉回来的。孝成私下里帮母亲搞张去台湾的机票，可是一票难求啊。蓝蓝也劝父亲让她婆婆陪自己一起去台湾，蔚司令并没有答应。
蓝蓝回去之后告诉孝成自己已经尽力了，也没有让父亲同意。站长故意骗孝成说共产党又用那个电台给惊蛰发电报了，还说王新民并不是那个惊蛰，让孝成把真正的惊蛰抓给他看。孝成便知道这是站长在试探自己，现在唯一自救的办法就是把真正的惊蛰抓起来。
阿贵很不明白怎么一张机票，孝成就在蔚司令那里要不到。蔚司令找到宋怀珍，让她离开林家好让孝成安心的去台湾，宋怀珍并没有答应。
宋怀珍出来的时候正好碰到站长来找蔚司令，跟他打听着接下来的准备。孝成正想办法给母亲弄机票，可是母亲并不愿意去台湾。宋怀珍又去医院抽血以备孝成不时之需。
晚上母亲交待孝成一定要好好待蓝蓝。