共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成告诉蓝蓝张婶的手脚可脚不干净，让她以后买东西记个账，蓝蓝觉得张婶跟了自己这么多年了，不可能作出那样的事情，肯定又是母亲说的。蓝蓝又提到了母亲是共产党，这让孝成非常的生气。两人又因为这事而闹别扭了。
孝成告诉母亲他昨天去找了表舅，表如还送了孝成一张照片。这天蓝蓝找到张婶让她买菜以后都记个账，这让张婶心里很不痛快。
看蓝蓝肚子中的孩子，孝成就非常的高兴，这个时候蓝蓝还要吃很辣的东西，母亲只好去买。王新民的人决定从张婶的儿子下手，让他来接近孝成的表舅。
表舅跟街坊邻居吃饭的时候，这时张婶的儿子猴子，想拜表舅为师，表舅也就只好答应了。儿子又找到张婶问她要钱，看母亲手中拿些钱便一把抢过去了。王新民的人来到赌坊看到张婶的儿子正在赌博的。表舅带了只鸭来到孝成的家中，闻表舅身上的味就受不了，蓝蓝让表舅到院子里跟母亲谈。
表舅跟宋怀珍说起了和平谈判的事情，表舅想让她去接近牛师长的母亲，让他母亲来策反牛师长。再过几天就是母亲的大寿了，卫川想给母亲大办一场宴会，母亲更宁愿他们能够打一场胜仗那比什么都好。
镇邦这边听说上次万县暴动的事情被暴露了，非常的生气，还劝卫川说放以后注意点。镇邦也收到了老太太过生日的请柬，准备去给老太太拜寿。
蓝蓝回来了又买了一大堆的高跟鞋，这又招到老太太的一顿唠叨。蓝蓝还给母亲买了一套衣服，母亲非常的喜欢。谈判可能失败了，山城这里可能要动乱了，蓝蓝告诉他如果真失败了，他们就搬到台湾去。孝成问着母亲牛太太要过生日了，自己该送些什么去，母亲想趁着这个机会去见见牛太太。
王新民找到张婶的儿子，想让他去接近孝成的表舅。母亲布店里准备买两匹布准备给牛太太送过去。这天孝成和母亲一起来到牛师长这里，两个老太太在一块有说有笑的,两人聊的非常的投机，牛太太想让宋怀珍没事找自己来玩。
孝成跟牛师长谈到了北平合谈的事情。猴子带着几瓶酒来到表舅这里，两人喝的都差不多了，表舅觉得猴子狠奇怪，猴子也没有什么正当工作，哪来这么多钱喝酒啊。猴子的话让表舅觉得很可疑。猴子喝的有点多，表舅一直跟着他，居然来到了保密局。
表舅来到戏院里把猴子的事情告诉了孝成的母亲。孝成的母亲让表舅暂时先保护好自己，让他弄些假情报给猴子。
猴子还是整天跟在表舅的后面到处乱转，这可把猴子给累坏了。