共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
阿贵借机去哪机要员套近乎，却遭到了白眼。阿贵还跟阿福打赌自己能够拿下那个机要员。孝成躺在医院里，阿贵和阿福来看望他，还说现在他们的队由王新民来接管了。孝成一听便知道是有别人在背后说自己的坏话。
王新民私下里查孝成，果然发现了一些蛛丝马迹。 现在共产党在北平那里就要建国了，王新民他们也在作自己的打算。
蓝蓝来看望孝成，一听孝成说的话，便明白站长要架空孝成。宋怀珍跟其它的共产党在一块讨论着即将建国的事情，蓝蓝气冲冲的回来了。一看孩子尿床了，蓝蓝跟宋怀珍发着脾气，老表舅看不惯吼着蓝蓝，宋怀珍连忙把表舅拉了出来。
出来之后表舅告诉宋怀珍自己的儿子牺牲了，宋怀珍也替他感到难过。母亲来看望孝成，现在孝成非常的想念自己的儿子，现在他才体会到为人父母的感觉。宋怀珍又悄悄的护士那里给儿子输着血。
表舅一个人在家喝闷酒，宋怀珍来了劝表舅想开点。阿贵现在很看不惯王新民的行为，孝成让他们把上次救赵峰的事情给办妥。王新民的人趁表舅出去喝酒，去查了下他的家，在屋子里搜出了表舅儿子的照片。现在王新民抓住了表舅的证据，猜想着宋怀珍也是共党，派人继续跟踪他。
王新民的人在龙兴寺那里把表舅给抓住了，逼问着表舅的身份。王新民把这个消息告诉了站长，怀疑宋怀珍和表舅都是共党。组织听说表舅被抓了，想着办法营救他们。
王新民想要抓宋怀珍去审查，可是被蔚镇邦给阻止了。蔚镇邦打电话给陈站长，陈站长还说劝蔚镇邦，不要把自己给牵连进去，蔚镇邦的头都快气大了。
听说表舅被抓了，孝成立即办了出院手术。宋怀珍也找苇镇邦去帮忙救表舅，可是蔚镇邦根本就不愿意。孝成问母亲去哪里了，还把母亲叫到自己的书房问母亲到底是不是共产党。
蓝蓝过来了吵着今天去哪里了，孩子的尿布也没有人换，母亲连忙转移话题去照顾小孩。王新民用酷刑让表舅招供，可是表舅还是没有招。
早上母亲去买菜孝成跟着一起去了，还说给母亲收拾了一些衣服，让她去乡下住。