共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
宋怀珍再次来到赵峰这里，赵峰无力的躺在床上，宋怀珍告诉赵峰自己没有搞到盘尼西林，只弄了点典酒和纱布，为了保住这条手，赵峰让母亲在这里就帮他把子弹给取出来，母亲只好试试。
孝成忙了一天也没有抓到赵峰，累的在蓝蓝身边睡着了。子弹终于取出来了母亲将赵峰揽在怀中，想着现在赵峰跟孝成的关系，母亲就感到很为难。
大半夜母亲才回来，可把孝成给担心死了。听说牛太太死了母亲心里也挺难过的。孝成又准备去陪着蓝蓝，母亲说着自己去。看母亲走后孝成立刻打电话给阿贵让他从明天起全程看着老太太。
赵峰来到了孙小蝶这里，看赵峰伤的如此的重，孙小蝶想着办法给赵峰治病，赵峰没事教着孙小蝶的女儿说话。母亲守在蓝蓝的身边居然睡着了，醒的时候已经是天亮了。母亲刚出医院就被阿贵给跟了，便想个办法把阿贵给支开了，自己去买了两个汤。
蔚镇也来看望自己的女儿，都中午了母亲还没有过来。蔚镇邦给蓝蓝的儿子取了个小名“平安”。母亲带着鸡汤来到孙小蝶这里看望赵峰，看孙小蝶回来了有人照顾赵峰，母亲也就放心的走了。
孩子饿的直哭孝成只好回去给儿子暂时冲点米糊之类的东西，孝成回到家中看母亲也不在家中，母亲匆匆忙忙的赶到医院里，可是蓝蓝并不喜欢喝那些汤，母亲只好又去给她买点抄手。
孝成坐在沙发上看母亲回来了，问母亲今天这是去哪里了，一整天见不着人。母亲头一昏差点倒了过去，孝成连忙不问了。
孙小蝶回来看赵峰跟妞妞玩的挺开心的，孙小蝶心里也高兴的。表舅那边终于找到盘尼西林，立刻把它送给宋怀珍，宋怀珍立即拿去了赵峰用上。母亲从巷子里出来的时候正好被王新民给看到了，王新民追上去向宋怀珍盘查着，之后便派人在附近查查这一带有没有一个姓王的卖鸡汤的。
王新民带着些东西去看望蓝蓝，顺便跟蓝蓝打听着母亲送汤的事情，王新民便觉得这件事情有些可疑。回去之后好好的合计了这件事情，王新民感觉宋怀珍是在给一个受刀伤或枪伤的人送的汤。
宋怀珍又去那家饭店买汤，发现被人跟踪只好买了一份的汤。王新也觉得被老太太给察觉了，便派人到附近挨家挨户的搜，孙小蝶一看马上就要搜到这里了，只好让赵峰从后门跑了出去，王新民的人一路在后面追着，在追击的过程中赵峰又受了伤，说来也巧躲到了孝成的家中。
王新民那边跟孙小蝶打听着赵峰的消息，孙小蝶什么都没有说，可是从孙小蝶的女儿身上王新民还是发现了些什么。
赵峰躲在孝成的家中，宋怀珍还有蓝蓝一起回来了。中午的时候孝成也回来了，一眼看到外面便觉得有些不太对劲，这里被王新民派的人给盯死了。