共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
孝成回去之后把那些监听的机器放在身上，趁母亲出去买东西的时候，孝成把机器放在了母亲的房间的灯里。孝成突然想到可能自己也被别人监听了，果然在屋子里发现了监听的机器。孝成找到站长告诉他自己被监听的事情，站长告诉他自己根本没有做这事。
出来的时候孝成正好遇到了王新民，孝成找到王新民说这事，王新民也承认了。晚上孝成回去之后母亲告诉他，蓝蓝正哭着闹着要回娘家，孝成回到房间中蓝蓝正在收拾着东西。两人争执着，最后孝成也生气了，任由蓝蓝回去不拦着。母亲出去把孝成拉了回来劝着他去跟蓝蓝道个谦。
孝成回到房间中跟蓝蓝道谦，蓝蓝这才原谅他。王新民重新派人去监视林孝成，连与孝成接触的人都不放过。
早上母亲做了些豆包，孝成跟蓝蓝非常都非常的喜欢吃。一听孝成要跟蓝蓝一起出去逛街，母亲就劝他们少出去。孝成回到房间后把监听器打开后便出去。刚一出门王新民派的人便注意到了，可是他们要盯的人是孝成的母亲。
蓝蓝出去逛街张婶也跟着一起去，张婶在蓝蓝的耳边不断的说孝成的母亲是共党。趁他们都出去了母亲在打扫着屋子里的卫生，发现了孝成放的监听器。
孝成的表舅来了，宋怀珍把监听器的事情告诉了青舅;看来儿子还是不放心她啊。明天有个秘密会议表舅让宋怀珍明天去参加，表舅的儿子在那边也当上了中国人民解放军的一位连长这让他非常的高兴。
孝成来到站长这里，站长告诉他共产党最近有个万县暴动，可是孝成一点都不知道。原来共产党准备在万县准备一个暴动，站长让孝成去查查这件事情。
王新民派去的人守在孝成家都一天，宋怀珍也没有出来，两人只好无奈去跟王新民报告。孝成一回来就闻到一股烧焦的味道，原来是蓝蓝下厨做菜。孝成一尝蓝蓝做菜，就连忙说自己已经吃过饭了，找各种理由来不吃蓝蓝做的菜。这让蓝蓝非常的失望。孝成回到房间中打开监听器，任何有用的消息都没有听到。
这天宋怀珍出门了，王新民派的人便悄悄的跟在她后面。表舅一看宋怀珍被盯了，只好改天再跟她联系。蓝蓝一人在家，孝成回来了，一听母亲出去买酸辣粉了，孝成便觉得可疑。蓝蓝也说张婶在她面前说母亲是共党，连忙疲孝成打住了。这个时候母亲回来了，孝成劝母亲以后少出门，最后决定派个人跟着母亲宋怀珍。
万县暴动的事情孝成已经调查清楚了，站长让孝成直接去抓人。阿贵跟阿福蹲在街头，无聊打赌赢钱。孝成过来了让阿贵明天全程陪同自己的母亲。
第二天一早阿贵便来到孝成这里找到他的母亲说是陪她出去逛街，谁知他母亲早饭还没有吃呢。阿贵和宋怀珍上街又被人给盯了。