共36集
《肉中刺》是导演俞钟在成功打造《眼中钉》后再次操刀的一部谍战情感剧。本剧延续了《眼中钉》中激烈的情感对决，并拓宽了情感戏路：暗流涌动的母子亲情，相煎太急的兄弟手足情，难以割舍的夫妻情，尤其是起伏跌宕的婆媳关系成为本剧的一大特色。1949年春，由于叛徒的出卖，中共重庆地下党组织瘫痪，共产党员宋怀珍（宋春丽饰）奉命赴渝恢复地下工作。宋怀珍一现身便被保密局的王新民抓住，却因此与失散多年的儿子时任保密局局行动队队长的林孝成（孙逊饰）相认，宋怀珍获救并成功接近敌人内部。一切还算顺利，但是骨子里有着传统观念的宋怀珍与林孝成的未婚妻蔚蓝（唐一菲 饰）摩擦不断，婚后麻辣婆媳的情节不断上演且随着帮佣张嫂的到来让二人关系到了水火不容的地步，好在宋怀珍认识了军中牛师长的母亲牛老太太（斯琴高娃饰），牛老太太几次帮着宋怀珍教训蔚蓝。期间，宋怀珍不但要做个为难的婆婆，还要执行组织交给的破坏敌人计划以及策反军中牛师长和儿子的任务，同时她也意识到林孝成已对自己的身份产生了怀疑，而林孝成的对头王新民也是死盯着宋怀珍不放。就在这危机四伏的时刻，宋怀珍小儿子赵峰的到来让局势发生了突变，兄弟相认也使得林孝成一家陷入危险境地。1949年10月新中国成立，重庆各界人心惶惶，国民党内高层正密谋“烧城计划”，获取“烧城计划”成为宋怀珍最重要的人物。然而摆在她面前的困难，儿子林孝成患病且对自己深怀敌意，媳妇艰难产子后一度回暖的婆媳关系因司马义的死又变得如履薄冰，在工作方面：联络员暴露，潜伏人员“惊蛰”被害，这一切让作为一名党员又作为一个母亲的宋怀珍心力交瘁，但她明白任务依然要继续，同时儿子也要拯救。
林孝成去蔚家没见着人，沈怀珍借着上坟之机和组织上派来的人取得联系，她知道惊蛰就在林孝成身边。蔚蓝蓝有了怀孕的征兆，医院里检查后发现已经一个多月了，蔚振邦猜出她是去了医院，还要结果。林孝成看到医院的检查证明后说要负这个责任，蔚振邦让他先走。
林孝成回到家后对他妈说起了蔚蓝蓝有身孕的事情，沈怀珍也想要这个孩子，她准备给蓝莉陪不是。蔚蓝蓝来到医院想打掉肚里的孩子，收到消息后林孝成急忙赶去医院，她说自己会把孩子生下来并带到国外，这让林孝成很惊慌。
沈怀珍也赶往医院看望蔚蓝蓝，她提出搬出去住，蔚蓝蓝等他们走后独自偷笑。蔚振邦不同意让沈怀珍出去住，蔚蓝蓝也提出了自己的条件，商议之后他们准备尽快将结婚的日子定下来。沈怀珍打扫家里卫生时发现了监听设备和林怀孝成在门口放的火柴。
沈怀珍感觉四处防着心里太累，组织上在重庆开会前要除去叛徒。王新民看到手下做的事后将他们骂了一顿，林孝成回家后接到蓝蓝的电话就离开了，沈怀珍来到书房想破解信上的文字。蔚蓝蓝怀疑沈怀珍有可能是共产党，沈怀珍经过查看发现了破解密信的方法。
沈怀珍熬药给蔚蓝蓝喝，她听到她叫妈后十分高兴。林孝成的手下将看到他妈买书的事件告诉了他，他赶往书店询问，只问到他妈买了字帖。